PDB-3emf: Crystal structure of Haemophilus influenzae HiaBD2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3emf

タイトル

Crystal structure of Haemophilus influenzae HiaBD2

要素

Hia (Adhesin)

キーワード

CELL ADHESION / Hia / adhesin / binding domain / autotransporter / trimeric

機能・相同性

機能・相同性情報

outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Meng, G. / Waksman, G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Repetitive Architecture of the Haemophilus influenzae Hia Trimeric Autotransporter
著者: Meng, G. / St Geme, J.W. / Waksman, G.

履歴

登録	2008年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3emf.cif.gz	146.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3emf.ent.gz	116.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3emf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/3emf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3emiC 3emoC 1s7mS 2gr7 2gr8 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ajg-1 4mse-2 6fg5-2 2hr5-d 3iad-4 2aq2-2 3pwf-d 4lm4-2 4lm2-2 6eur-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hia (Adhesin)

B: Hia (Adhesin)

C: Hia (Adhesin)

37.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.292, 91.035, 94.669
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Hia (Adhesin) 分子量: 12596.892 Da / 分子数: 3 / 断片: Hia BD2, UNP residues 51-166 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: hia / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q48152
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9729 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9729 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 24079 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 30.824 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / R_sym value: 0.065 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / R_sym value: 0.31 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
DNA	データ収集
PHASER	位相決定
PHENIX	精密化
MOSFLM	データ削減
SCALA	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1S7M

1s7m

解像度: 2→28.471 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.819 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1220	5.09 %	random
R_work	0.194	22745	-	-
obs	-	23965	98.27 %	-

溶媒の処理

B_sol: 61.005 Å² / k_sol: 0.397 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.45 Å² / B_iso mean: 44.355 Å² / B_iso min: 13.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.537 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.267 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.471 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2528	0	0	192	2720

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Weight
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	1
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.666	1
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1
X-RAY DIFFRACTION	f_nbd_refined	4.115	1

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	Total num. of bins used	% reflection obs (%)
2-2.015	0.239	476	X-RAY DIFFRACTION	45	89
2.015-2.03	0.209	483	X-RAY DIFFRACTION	45	91
2.03-2.046	0.209	484	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.046-2.063	0.195	504	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.063-2.08	0.217	480	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.08-2.098	0.222	501	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.098-2.116	0.224	490	X-RAY DIFFRACTION	45	91
2.116-2.135	0.212	464	X-RAY DIFFRACTION	45	91
2.135-2.154	0.206	523	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.154-2.175	0.204	492	X-RAY DIFFRACTION	45	96
2.175-2.196	0.222	484	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.196-2.218	0.21	509	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.218-2.241	0.199	478	X-RAY DIFFRACTION	45	91
2.241-2.264	0.202	503	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.264-2.289	0.2	501	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.289-2.315	0.213	501	X-RAY DIFFRACTION	45	95
2.315-2.342	0.197	510	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.342-2.371	0.217	488	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.371-2.401	0.195	490	X-RAY DIFFRACTION	45	91
2.401-2.433	0.211	505	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.433-2.466	0.225	487	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.466-2.501	0.201	535	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.501-2.539	0.211	471	X-RAY DIFFRACTION	45	90
2.539-2.578	0.207	511	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.578-2.62	0.195	490	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.62-2.665	0.214	515	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.665-2.714	0.195	485	X-RAY DIFFRACTION	45	93
2.714-2.766	0.211	532	X-RAY DIFFRACTION	45	96
2.766-2.822	0.176	484	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.822-2.884	0.177	518	X-RAY DIFFRACTION	45	94
2.884-2.951	0.211	501	X-RAY DIFFRACTION	45	92
2.951-3.025	0.196	506	X-RAY DIFFRACTION	45	95
3.025-3.106	0.18	526	X-RAY DIFFRACTION	45	95
3.106-3.197	0.18	498	X-RAY DIFFRACTION	45	95
3.197-3.301	0.177	530	X-RAY DIFFRACTION	45	96
3.301-3.418	0.205	525	X-RAY DIFFRACTION	45	96
3.418-3.555	0.173	516	X-RAY DIFFRACTION	45	95
3.555-3.717	0.166	514	X-RAY DIFFRACTION	45	93
3.717-3.912	0.148	528	X-RAY DIFFRACTION	45	96
3.912-4.156	0.135	523	X-RAY DIFFRACTION	45	95
4.156-4.476	0.166	524	X-RAY DIFFRACTION	45	95
4.476-4.924	0.172	530	X-RAY DIFFRACTION	45	94
4.924-5.632	0.199	528	X-RAY DIFFRACTION	45	94
5.632-7.078	0.231	559	X-RAY DIFFRACTION	45	97
7.078-28.474	0.247	543	X-RAY DIFFRACTION	45	90

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)