PDB-3elq: Crystal structure of a bacterial arylsulfate sulfotransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3elq

タイトル

Crystal structure of a bacterial arylsulfate sulfotransferase

要素

Arylsulfate sulfotransferase

キーワード

TRANSFERASE / BETA PROPELLER / PROTEIN-SUBSTRATE COMPLEX / PERIPLASM / TRANSESTERIFICATION / SULFATE / PHENOL / BACTERIA

機能・相同性

機能・相同性情報

aryl-sulfate sulfotransferase / arylsulfate sulfotransferase activity / aryl sulfotransferase activity / periplasmic space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malojcic, G. / Owen, R.L. / Grimshaw, J.P. / Glockshuber, R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: A structural and biochemical basis for PAPS-independent sulfuryl transfer by aryl sulfotransferase from uropathogenic Escherichia coli.
著者: Malojcic, G. / Owen, R.L. / Grimshaw, J.P. / Brozzo, M.S. / Dreher-Teo, H. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2008年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3elq.cif.gz	252.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3elq.ent.gz	202.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3elq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3elq_validation.pdf.gz	438.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3elq_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	3elq_validation.xml.gz	50 KB	表示
CIF形式データ	3elq_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/el/3elq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3etsC 3ettC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4p07-2 3ett-1 3ets-1 4p05-2 4p06-2 6ca8-1 4iym-2 3r31-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Arylsulfate sulfotransferase

B: Arylsulfate sulfotransferase

ヘテロ分子

129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arylsulfate sulfotransferase

B: Arylsulfate sulfotransferase

ヘテロ分子

A: Arylsulfate sulfotransferase

B: Arylsulfate sulfotransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
258 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	181.727, 181.727, 100.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	153
Space group name H-M	P3₂12

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	A

#1: タンパク質	Arylsulfate sulfotransferase 分子量: 63846.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: CFT073 / 遺伝子: ASTA, EcF11_2091 / プラスミド: PDSBA3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 参照: UniProt: B3HTA9, UniProt: Q8FDI4*PLUS, aryl-sulfate sulfotransferase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1010 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.8M LITHIUM SULFATE, 0.1M SODIUM CACODYLATE, pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2006年8月29日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2006年10月25日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→60 Å / Num. obs: 124546 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2.994 / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 20.3

反射シェル

解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 7897 / R_sym value: 0.4 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→33.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 5.284 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.144
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. PHENIX was also used for refinement.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	2013	1.6 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
obs	0.208	122878	100 %	-
all	-	180194	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.94 Å²	-1.97 Å²	0 Å²
2-	-	-3.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.91 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.144 Å	0.147 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8924	0	63	1010	9997

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	9195
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.015	0.02	6159
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.949	12500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.941	3.001	15010
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.739	5	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.31	24.537	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.366	15	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.148	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	1336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1845
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.189	0.2	1655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	6716
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	4604
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	892
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.12	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.194	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.797	1.5	5993
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.942	1.5	2311
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.967	2	9069
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.453	3	3980
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.991	4.5	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 7516 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.18	0.5
medium thermal	0.39	2

LS精密化シェル

解像度: 2→2.06 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	131	-
R_work	0.319	7897	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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