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- PDB-3eki: Structural insights of the Mycoplasma hyorhinis protein Mh-p37: A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eki
タイトルStructural insights of the Mycoplasma hyorhinis protein Mh-p37: A putative thiamine pyrophosphate transporter
要素High affinity transport system protein p37
キーワードTPP BINDING PROTEIN / Mycoplasma / p37 / TPP / cell membrane / Lipoprotein / membrane / transport / transport protein / Palmitate / extracytoplasmic thiamine binding lipoprotein / Cypl
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein phosphorylation / regulation of cell migration / host cell cytoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cypl, domain I / CypI, domain 2 / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein / Thiamine-binding lipoprotein, domain I / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein, domain II / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / THIAMINE DIPHOSPHATE / High affinity transport system protein p37
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma hyorhinis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Sippel, K.H. / Robbins, A.H. / Reutzel, R. / McKenna, R.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Structural insights into the extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein p37 of Mycoplasma hyorhinis
著者: Sippel, K.H. / Robbins, A.H. / Reutzel, R. / Boehlein, S.K. / Namiki, K. / Goodison, S. / Agbandje-McKenna, M. / Rosser, C.J. / McKenna, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure determination of the cancer-associated mycoplasma hyorhinis protein Mh-p37
著者: Sippel, K.H. / Robbins, A.H. / Reutzal, R. / Domsic, J. / Boehlein, S.K. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / Rosser, C.J. / McKenna, R.
履歴
登録2008年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity transport system protein p37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,27512
ポリマ－46,1181
非ポリマー1,15711
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.457, 67.586, 59.838
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細monomeric

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 High affinity transport system protein p37


分子量: 46117.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma hyorhinis (バクテリア)
遺伝子: p37 / プラスミド: PET31p37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P15363

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非ポリマー , 5種, 333分子

#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 4
詳細: 0.1 M Ammonium Bromide, 0.1 M Citric Acid, 40% PEG 4000, under paraffin oil, pH 4.0, Batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9169 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年3月10日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9169 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 49563 / Num. obs: 47500 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 0.115
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4759 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3E78

3e78


解像度: 1.6→40 Å
Isotropic thermal model: isotropic except for one calcium ion
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure.
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.227 2375 random
Rwork0.183 --
all0.184 49563 -
obs-47500 -
原子変位パラメータBiso mean: 20 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2971 0 41 322 3334
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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