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- PDB-3ek3: Crystal structure of Nitroreductase with Bound FMN (YP_211706.1) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ek3
タイトルCrystal structure of Nitroreductase with Bound FMN (YP_211706.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.70 A resolution
要素Nitroreductase
キーワードFLAVOPROTEIN / YP_211706.1 / Nitroreductase with Bound FMN / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / NADH Oxidase / NADH Oxidase / Nitroreductase / Nitroreductase family / Nitroreductase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Unknown ligand / Nitroreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Nitroreductase with Bound FMN (YP_211706.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 1.70 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0896
ポリマ－21,2791
非ポリマー8115
水3,693205
1
A: Nitroreductase
ヘテロ分子

A: Nitroreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,17912
ポリマ－42,5572
非ポリマー1,62210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area10100 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.610, 83.730, 116.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-394-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Nitroreductase


分子量: 21278.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)
遺伝子: YP_211706.1, BF2078 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LDN3
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 65.0000% MPD, 0.1M TRIS pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97932,0.97918
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月4日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979321
30.979181
反射解像度: 1.7→29.123 Å / Num. obs: 21975 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 17.497 Å2 / Rmerge F obs: 0.185 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 10.63 / Num. measured all: 80152
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.7-1.761.0890.5211.77757419239590.71594.4
1.76-1.830.8180.3962.27833416640080.54496.2
1.83-1.910.5620.2683.17716408839390.36896.4
1.91-2.020.3790.194.38782466144630.2695.8
2.02-2.140.2670.1366.17458395637860.18795.7
2.14-2.310.1710.098.48257434241940.12396.6
2.31-2.540.1270.06910.97957417440360.09496.7
2.54-2.90.090.0514.58013418840630.06997
2.9-3.660.0450.028238215426841520.03997.3
3.66-29.1230.0270.02131.58164424741230.02997.1

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.123 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.552 / SU ML: 0.062 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.093
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL MOLECULES FROM THE CRYSTALLIZATION BUFFER WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. 5. AN UNKOWN LIGAND (UNL) WAS MODELED INTO THE PUTATIVE IN THE VICINITY OF A BOUND FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN) COFACTOR.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 1124 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 20817 --
obs0.152 21941 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.52 Å2 / Biso mean: 17.359 Å2 / Biso min: 5.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.39 Å20 Å20 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→29.123 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1437 0 63 205 1705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221572
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021017
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3671.9942156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92632496
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3945200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75624.69766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20215253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.226157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1910.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.2767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2776
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2520.2165
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1770.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.80331016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4773386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.20451534
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8818734
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.06111615
LS精密化 シェル解像度: 1.701→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 89 -
Rwork0.213 1521 -
all-1610 -
obs--99.2 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.5379 Å / Origin y: 27.6876 Å / Origin z: 17.5388 Å
111213212223313233
T0.0405 Å2-0.0051 Å20.0001 Å2-0.0147 Å20.0133 Å2--0.0589 Å2
L0.5338 °2-0.0547 °2-0.0263 °2-0.3766 °20.0972 °2--1.126 °2
S0.0016 Å °0.0987 Å °0.0255 Å °-0.0378 Å °0.0044 Å °0.0429 Å °0.0395 Å °-0.0404 Å °-0.006 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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