ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show REFMACrefmac_5.5.0047精密化 Show PDB_EXTRACT3.006 データ抽出 Show CrystalClearデータ収集 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング REFMAC5.5.0047位相決定
精密化 構造決定の手法 : フーリエ合成開始モデル : 2qt8解像度 : 2.3→28.41 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.911 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.864 / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.4 / SU B : 18.933 / SU ML : 0.205 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.479 / ESU R Free : 0.28 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES : RESIDUAL ONLYRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.267 1338 5.1 % RANDOM Rwork 0.213 - - - all 0.216 26462 - - obs 0.216 26462 95.51 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.4 Å / 溶媒モデル : BABINET MODEL WITH MASK原子変位パラメータ Biso max : 62.24 Å2 / Biso mean : 27.957 Å2 / Biso min : 2 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.17 Å2 -0.08 Å2 -0.06 Å2 2- - 0.29 Å2 -0.01 Å2 3- - - -0.01 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.3→28.41 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4738 0 8 141 4887
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 16) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.008 0.022 4903 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.02 3435 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.068 1.935 6634 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg0.794 3 8236 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg5.823 5 583 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg34.002 23.258 264 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.389 15 784 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg13.311 15 41 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.063 0.2 656 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.005 0.021 5562 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1139 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.255 4 2896 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_other0.295 4 1196 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it2.109 6 4645 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.551 6 2007 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it3.817 10 1987
LS精密化 シェル 解像度 : 2.299→2.358 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.343 74 - Rwork 0.232 1847 - all - 1921 - obs - 1921 92.98 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.8841 -0.2271 0.3186 2.6423 0.7297 1.6542 0.0427 -0.0067 0.1024 -0.0413 0.0059 -0.3013 -0.025 0.1025 -0.0485 0.0307 0.0108 -0.0092 0.1318 0.0055 0.0846 41.746 32.239 60.071 2 0.6075 -0.2283 0.0086 0.469 0.3696 0.901 0.0108 -0.0171 0.0751 0.0217 -0.0232 -0.0336 -0.0872 -0.0021 0.0124 0.0424 0.0154 0.003 0.1676 -0.0083 0.0727 27.172 37.069 54.506 3 1.3645 0.1843 -0.03 0.9291 0.0332 0.9544 -0.0022 0.0494 0.0369 -0.0403 -0.0125 0.0141 -0.0552 -0.0162 0.0148 0.059 0.0217 -0.0018 0.1841 -0.0107 0.0571 29.915 28.822 39.806 4 1.2443 -0.1846 0.2001 1.9881 -0.0161 1.0416 -0.0017 0.0752 0.0489 -0.0725 -0.0164 0.153 -0.0507 -0.0574 0.0181 0.0708 0.0217 -0.0219 0.2069 -0.0185 0.0768 35.926 33.867 12.556 5 0.8897 0.1141 -0.0104 0.3319 -0.1845 0.9176 0.0173 0.0791 0.0789 -0.0288 -0.0356 -0.0539 -0.1009 0.0086 0.0183 0.0567 0.0191 0 0.165 -0.0148 0.0684 50.515 38.811 18.154 6 1.4096 -0.071 -0.2611 0.4867 0.21 0.8221 -0.015 -0.0169 0.0012 0.009 -0.034 -0.0167 -0.0646 0.049 0.049 0.0638 0.0094 -0.0211 0.1633 0.0014 0.0622 47.965 27.69 32.344
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 71 2 X-RAY DIFFRACTION 2 A81 - 227 3 X-RAY DIFFRACTION 3 A228 - 301 4 X-RAY DIFFRACTION 4 B1 - 82 5 X-RAY DIFFRACTION 5 B83 - 221 6 X-RAY DIFFRACTION 6 B222 - 301