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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eje | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of P450BioI in complex with octadec-9Z-enoic acid ligated Acyl Carrier Protein | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/LIPID TRANSPORT / Protein-Protein Complex / Cytochrome P450 Fold / Carrier Protein / 4-Helix Bundle / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Phosphopantetheine / Biotin biosynthesis / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase / Oxidoreductase / OXIDOREDUCTASE-LIPID TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase / biotin biosynthetic process / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / monooxygenase activity / fatty acid biosynthetic process ...pimeloyl-[acyl-carrier protein] synthase / biotin biosynthetic process / lipid biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / phosphopantetheine binding / acyl binding / acyl carrier activity / monooxygenase activity / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / lipid binding / heme binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Cryle, M.J. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008 タイトル: Structural insights from a P450 Carrier Protein complex reveal how specificity is achieved in the P450(BioI) ACP complex. 著者: Cryle, M.J. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eje.cif.gz | 384.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eje.ent.gz | 319 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eje.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3eje_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3eje_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3eje_validation.xml.gz | 78.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3eje_validation.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3eje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3eje | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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詳細 | HETERODIMERS ARE FORMED BY CHAIN A AND B, C AND D, E AND F, G AND H. |
-要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 10685.630 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: acpP, b1094, JW1080 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: P0A6A8 #2: タンパク質 | 分子量: 45988.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: GP208 / 遺伝子: bioI, CYP107H, BSU30190 / プラスミド: pET24b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P53554, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
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-糖 , 1種, 7分子
#4: 糖 | ChemComp-HTG / |
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-非ポリマー , 3種, 814分子
#3: 化合物 | ChemComp-ZMO / #5: 化合物 | ChemComp-HEM / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.41 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na HEPES, 0.25 M NaCl, 0.15 M Li2SO4, 19% PEG 4000, 0.2% n-heptyl b-D-thioglucopyranoside, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98089 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月8日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98089 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 129867 / Num. obs: 125956 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 29.3 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.51 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 8703 / Rsym value: 0.366 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.1→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 6.656 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.179 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.95 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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