PDB-3eja: Magnesium-bound glycoside hydrolase 61 isoform E from Thielavia t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eja

タイトル

Magnesium-bound glycoside hydrolase 61 isoform E from Thielavia terrestris

要素

protein GH61E

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta sandwich / fibronectin type III fold / metal site / magnesium

機能・相同性

機能・相同性情報

lytic cellulose monooxygenase (C4-dehydrogenating) / cellulose catabolic process / monooxygenase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thielavia terrestris (菌類)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 1.902 Å

データ登録者

Salbo, R. / Welner, D. / Lo Leggio, L. / Harris, P. / McFarland, K.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Stimulation of lignocellulosic biomass hydrolysis by proteins of glycoside hydrolase family 61: structure and function of a large, enigmatic family.
著者: Harris, P.V. / Welner, D. / McFarland, K.C. / Re, E. / Navarro Poulsen, J.C. / Brown, K. / Salbo, R. / Ding, H. / Vlasenko, E. / Merino, S. / Xu, F. / Cherry, J. / Larsen, S. / Lo Leggio, L.

履歴

登録	2008年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eja.cif.gz	193.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eja.ent.gz	156.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eja.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3eja ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/3eja	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3eiiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3eii-2 6p4e-2 6ycb-1 1cqd-2 4kfu-1 2zkg-4 6yce-2 7ccj-2 3eii-1 6p4e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: protein GH61E

B: protein GH61E

C: protein GH61E

D: protein GH61E

ヘテロ分子

92.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: protein GH61E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
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2

B: protein GH61E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: protein GH61E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23 kDa, 1 ポリマー
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4

D: protein GH61E

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.2 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	221.461, 221.461, 221.461
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	19
2	1	1	3	B	19
3	1	1	3	C	19
4	1	1	3	D	19
1	2	1	1	A	20
2	2	1	1	B	20
3	2	1	1	C	20
4	2	1	1	D	20
1	3	1	3	A	21
2	3	1	3	B	21
3	3	1	3	C	21
4	3	1	3	D	21
1	4	1	1	A	22
2	4	1	1	B	22
3	4	1	1	C	22
4	4	1	1	D	22
1	5	1	3	A	23 - 24
2	5	1	3	B	23 - 24
3	5	1	3	C	23 - 24
4	5	1	3	D	23 - 24
1	6	1	1	A	25
2	6	1	1	B	25
3	6	1	1	C	25
4	6	1	1	D	25
1	7	1	3	A	26 - 27
2	7	1	3	B	26 - 27
3	7	1	3	C	26 - 27
4	7	1	3	D	26 - 27
1	8	1	1	A	28 - 31
2	8	1	1	B	28 - 31
3	8	1	1	C	28 - 31
4	8	1	1	D	28 - 31
1	9	1	3	A	32 - 33
2	9	1	3	B	32 - 33
3	9	1	3	C	32 - 33
4	9	1	3	D	32 - 33
1	10	1	1	A	34
2	10	1	1	B	34
3	10	1	1	C	34
4	10	1	1	D	34
1	11	1	6	A	35 - 36
2	11	1	6	B	35 - 36
3	11	1	6	C	35 - 36
4	11	1	6	D	35 - 36
1	12	1	1	A	37 - 39
2	12	1	1	B	37 - 39
3	12	1	1	C	37 - 39
4	12	1	1	D	37 - 39
1	13	1	6	A	40 - 43
2	13	1	6	B	40 - 43
3	13	1	6	C	40 - 43
4	13	1	6	D	40 - 43
1	14	1	1	A	44
2	14	1	1	B	44
3	14	1	1	C	44
4	14	1	1	D	44
1	15	1	1	A	45 - 47
2	15	1	1	B	45 - 47
3	15	1	1	C	45 - 47
4	15	1	1	D	45 - 47
1	16	1	3	A	48 - 49
2	16	1	3	B	48 - 49
3	16	1	3	C	48 - 49
4	16	1	3	D	48 - 49
1	17	1	1	A	50
2	17	1	1	B	50
3	17	1	1	C	50
4	17	1	1	D	50
1	18	1	3	A	51
2	18	1	3	B	51
3	18	1	3	C	51
4	18	1	3	D	51
1	19	1	1	A	52 - 55
2	19	1	1	B	52 - 55
3	19	1	1	C	52 - 55
4	19	1	1	D	52 - 55
1	20	1	3	A	56 - 58
2	20	1	3	B	56 - 58
3	20	1	3	C	56 - 58
4	20	1	3	D	56 - 58
1	21	1	1	A	59
2	21	1	1	B	59
3	21	1	1	C	59
4	21	1	1	D	59
1	22	1	3	A	60
2	22	1	3	B	60
3	22	1	3	C	60
4	22	1	3	D	60
1	23	1	1	A	61 - 64
2	23	1	1	B	61 - 64
3	23	1	1	C	61 - 64
4	23	1	1	D	61 - 64
1	24	1	3	A	65 - 66
2	24	1	3	B	65 - 66
3	24	1	3	C	65 - 66
4	24	1	3	D	65 - 66
1	25	1	1	A	67 - 73
2	25	1	1	B	67 - 73
3	25	1	1	C	67 - 73
4	25	1	1	D	67 - 73
1	26	1	3	A	74
2	26	1	3	B	74
3	26	1	3	C	74
4	26	1	3	D	74
1	27	1	1	A	75 - 76
2	27	1	1	B	75 - 76
3	27	1	1	C	75 - 76
4	27	1	1	D	75 - 76
1	28	1	3	A	77
2	28	1	3	B	77
3	28	1	3	C	77
4	28	1	3	D	77
1	29	1	1	A	78 - 80
2	29	1	1	B	78 - 80
3	29	1	1	C	78 - 80
4	29	1	1	D	78 - 80
1	30	1	3	A	81
2	30	1	3	B	81
3	30	1	3	C	81
4	30	1	3	D	81
1	31	1	6	A	82 - 83
2	31	1	6	B	82 - 83
3	31	1	6	C	82 - 83
4	31	1	6	D	82 - 83
1	32	1	3	A	84
2	32	1	3	B	84
3	32	1	3	C	84
4	32	1	3	D	84
1	33	1	1	A	85 - 95
2	33	1	1	B	85 - 95
3	33	1	1	C	85 - 95
4	33	1	1	D	85 - 95
1	34	1	3	A	96 - 97
2	34	1	3	B	96 - 97
3	34	1	3	C	96 - 97
4	34	1	3	D	96 - 97
1	35	1	1	A	98
2	35	1	1	B	98
3	35	1	1	C	98
4	35	1	1	D	98
1	36	1	3	A	99
2	36	1	3	B	99
3	36	1	3	C	99
4	36	1	3	D	99
1	37	1	6	A	100
2	37	1	6	B	100
3	37	1	6	C	100
4	37	1	6	D	100
1	38	1	1	A	101
2	38	1	1	B	101
3	38	1	1	C	101
4	38	1	1	D	101
1	39	1	3	A	102 - 103
2	39	1	3	B	102 - 103
3	39	1	3	C	102 - 103
4	39	1	3	D	102 - 103
1	40	1	1	A	104 - 114
2	40	1	1	B	104 - 114
3	40	1	1	C	104 - 114
4	40	1	1	D	104 - 114
1	1	2	3	A	115
2	1	2	3	B	115
3	1	2	3	C	115
4	1	2	3	D	115
1	2	2	1	A	116
2	2	2	1	B	116
3	2	2	1	C	116
4	2	2	1	D	116
1	3	2	3	A	117 - 118
2	3	2	3	B	117 - 118
3	3	2	3	C	117 - 118
4	3	2	3	D	117 - 118
1	4	2	6	A	119 - 131
2	4	2	6	B	119 - 131
3	4	2	6	C	119 - 131
4	4	2	6	D	119 - 131
1	5	2	1	A	132 - 133
2	5	2	1	B	132 - 133
3	5	2	1	C	132 - 133
4	5	2	1	D	132 - 133
1	6	2	3	A	134 - 135
2	6	2	3	B	134 - 135
3	6	2	3	C	134 - 135
4	6	2	3	D	134 - 135
1	7	2	1	A	136 - 141
2	7	2	1	B	136 - 141
3	7	2	1	C	136 - 141
4	7	2	1	D	136 - 141
1	8	2	3	A	142
2	8	2	3	B	142
3	8	2	3	C	142
4	8	2	3	D	142
1	9	2	1	A	143 - 145
2	9	2	1	B	143 - 145
3	9	2	1	C	143 - 145
4	9	2	1	D	143 - 145
1	10	2	3	A	146 - 147
2	10	2	3	B	146 - 147
3	10	2	3	C	146 - 147
4	10	2	3	D	146 - 147
1	11	2	1	A	148 - 150
2	11	2	1	B	148 - 150
3	11	2	1	C	148 - 150
4	11	2	1	D	148 - 150
1	12	2	3	A	151
2	12	2	3	B	151
3	12	2	3	C	151
4	12	2	3	D	151
1	13	2	1	A	152 - 154
2	13	2	1	B	152 - 154
3	13	2	1	C	152 - 154
4	13	2	1	D	152 - 154
1	14	2	3	A	155 - 156
2	14	2	3	B	155 - 156
3	14	2	3	C	155 - 156
4	14	2	3	D	155 - 156
1	15	2	1	A	157 - 163
2	15	2	1	B	157 - 163
3	15	2	1	C	157 - 163
4	15	2	1	D	157 - 163
1	16	2	3	A	164
2	16	2	3	B	164
3	16	2	3	C	164
4	16	2	3	D	164
1	17	2	1	A	165 - 171
2	17	2	1	B	165 - 171
3	17	2	1	C	165 - 171
4	17	2	1	D	165 - 171
1	18	2	3	A	172
2	18	2	3	B	172
3	18	2	3	C	172
4	18	2	3	D	172
1	19	2	1	A	173 - 176
2	19	2	1	B	173 - 176
3	19	2	1	C	173 - 176
4	19	2	1	D	173 - 176
1	20	2	3	A	177
2	20	2	3	B	177
3	20	2	3	C	177
4	20	2	3	D	177
1	21	2	1	A	178 - 179
2	21	2	1	B	178 - 179
3	21	2	1	C	178 - 179
4	21	2	1	D	178 - 179
1	22	2	3	A	180 - 186
2	22	2	3	B	180 - 186
3	22	2	3	C	180 - 186
4	22	2	3	D	180 - 186
1	23	2	1	A	187 - 188
2	23	2	1	B	187 - 188
3	23	2	1	C	187 - 188
4	23	2	1	D	187 - 188
1	24	2	6	A	189 - 190
2	24	2	6	B	189 - 190
3	24	2	6	C	189 - 190
4	24	2	6	D	189 - 190
1	25	2	1	A	191 - 193
2	25	2	1	B	191 - 193
3	25	2	1	C	191 - 193
4	25	2	1	D	191 - 193
1	26	2	3	A	194
2	26	2	3	B	194
3	26	2	3	C	194
4	26	2	3	D	194
1	27	2	1	A	195 - 197
2	27	2	1	B	195 - 197
3	27	2	1	C	195 - 197
4	27	2	1	D	195 - 197
1	28	2	3	A	198
2	28	2	3	B	198
3	28	2	3	C	198
4	28	2	3	D	198
1	29	2	1	A	199
2	29	2	1	B	199
3	29	2	1	C	199
4	29	2	1	D	199
1	30	2	3	A	200
2	30	2	3	B	200
3	30	2	3	C	200
4	30	2	3	D	200
1	31	2	1	A	201 - 207
2	31	2	1	B	201 - 207
3	31	2	1	C	201 - 207
4	31	2	1	D	201 - 207
1	32	2	3	A	208 - 216
2	32	2	3	B	208 - 216
3	32	2	3	C	208 - 216
4	32	2	3	D	208 - 216
1	33	2	6	A	217
2	33	2	6	B	217
3	33	2	6	C	217
4	33	2	6	D	217
1	34	2	3	A	218 - 226
2	34	2	3	B	218 - 226
3	34	2	3	C	218 - 226
4	34	2	3	D	218 - 226
1	35	2	6	A	601
2	35	2	6	B	601
3	35	2	6	C	601
4	35	2	6	D	601
1	36	2	6	A	2647
2	36	2	6	B	2647
3	36	2	6	A	2647
4	36	2	6	D	2647
1	37	2	6	A	4849 - 4852
2	37	2	6	B - D	4849 - 4852
3	37	2	6	C	4849 - 4852
4	37	2	6	D	4849 - 4852

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

protein GH61E

分子量: 22569.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Thielavia terrestris (菌類) / 株: NRLL 8126 / 遺伝子: gh61e / プラスミド: pAlLo28 / 発現宿主:

Aspergillus oryzae (米麹菌) / 株 (発現宿主): JaL250 / 参照: UniProt: D0VWZ9*PLUS

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 868分子

#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M MgSO4, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.902→15 Å / Num. obs: 69834 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.9 % / B_iso Wilson estimate: 18.5 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 31
反射シェル	解像度: 1.902→1.97 Å / 冗長度: 14.6 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / R_sym value: 0.483 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.902→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 2.965 / SU ML: 0.089 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20396	3449	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18428	-	-	-
all	0.1853	64309	-	-
obs	0.1853	64309	96.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.959 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.902→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6396	0	127	851	7374

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.108	1.946	9444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.268	5	833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.995	24.474	304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.411	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.987	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.178	0.2	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	4561
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	816
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.189	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.162	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.513	1.5	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.924	2	6858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.175	3	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.811	4.5	2584

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	583	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	583	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	583	tight positional	0.04	0.05
1	4	D	583	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	559	tight positional	0.04	0.05
2	2	B	559	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	559	tight positional	0.05	0.05
2	4	D	559	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	147	loose positional	0.31	5
1	2	B	147	loose positional	0.33	5
1	3	C	147	loose positional	0.32	5
1	4	D	147	loose positional	0.35	5
2	1	A	268	loose positional	0.51	5
2	2	B	268	loose positional	0.47	5
2	3	C	268	loose positional	0.49	5
2	4	D	268	loose positional	0.37	5
1	1	A	583	tight thermal	0.1	0.5
1	2	B	583	tight thermal	0.15	0.5
1	3	C	583	tight thermal	0.11	0.5
1	4	D	583	tight thermal	0.08	0.5
2	1	A	559	tight thermal	0.09	0.5
2	2	B	559	tight thermal	0.11	0.5
2	3	C	559	tight thermal	0.09	0.5
2	4	D	559	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	147	loose thermal	1.58	10
1	2	B	147	loose thermal	2.02	10
1	3	C	147	loose thermal	1.39	10
1	4	D	147	loose thermal	1.27	10
2	1	A	268	loose thermal	2.56	10
2	2	B	268	loose thermal	1.25	10
2	3	C	268	loose thermal	1.35	10
2	4	D	268	loose thermal	1.5	10

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	201	-
R_work	0.222	4661	-
obs	-	-	95.6 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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