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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3eix | ||||||
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タイトル | Crystal structure of selenomethionine labelled Staphylococcus aureus lipoprotein, HtsA | ||||||
要素 | HtsA protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / siderophore / lipoprotein / heme / haem | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009 タイトル: Characterization of staphyloferrin A biosynthetic and transport mutants in Staphylococcus aureus. 著者: Beasley, F.C. / Vines, E.D. / Grigg, J.C. / Zheng, Q. / Liu, S. / Lajoie, G.A. / Murphy, M.E. / Heinrichs, D.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3eix.cif.gz | 149.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3eix.ent.gz | 123.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3eix.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3eix_validation.pdf.gz | 421.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3eix_full_validation.pdf.gz | 423 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3eix_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3eix_validation.cif.gz | 28.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eix | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33546.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: htsA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99S89, UniProt: A0A0H3JM89*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 Hepes pH 7.0, Jeffamine ED-2001, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日 詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97607 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 62441 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.924 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 | ||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing MAD set site |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.352 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.468 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.35→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
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