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万見
- PDB-3eix: Crystal structure of selenomethionine labelled Staphylococcus aur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eix
タイトルCrystal structure of selenomethionine labelled Staphylococcus aureus lipoprotein, HtsA
要素HtsA protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / siderophore / lipoprotein / heme / haem
機能・相同性
機能・相同性情報


iron coordination entity transport / outer membrane-bounded periplasmic space
類似検索 - 分子機能
: / ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SA1979 protein / Similar to ferrichrome ABC transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2009
タイトル: Characterization of staphyloferrin A biosynthetic and transport mutants in Staphylococcus aureus.
著者: Beasley, F.C. / Vines, E.D. / Grigg, J.C. / Zheng, Q. / Liu, S. / Lajoie, G.A. / Murphy, M.E. / Heinrichs, D.E.
履歴
登録2008年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HtsA protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5822
ポリマ－33,5471
非ポリマー351
水8,899494
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.952, 43.645, 76.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HtsA protein


分子量: 33546.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: htsA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q99S89, UniProt: A0A0H3JM89*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 Hepes pH 7.0, Jeffamine ED-2001, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97607 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日
詳細: Vertical focusing mirror; single crystal (Si111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 62441 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 37.924
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.42.50.166187.3
1.4-1.453.30.153198.4
1.45-1.523.50.126199.9
1.52-1.63.60.106199.8
1.6-1.73.60.091199.7
1.7-1.833.60.074199.7
1.83-2.023.60.058199.4
2.02-2.313.60.05199.3
2.31-2.913.50.046198.9
2.91-503.40.036196.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se9.1510.3450.50.2211.051
2Se15.2480.50.3190.1510.978
3Se9.8940.2810.650.1921.022

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
REFMACrefmac_5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.35→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.352 / SU ML: 0.026 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.051 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16579 3156 5.1 %RANDOM
Rwork0.1294 ---
obs0.13122 59259 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.468 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.38 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2298 0 1 494 2793
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222513
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9863398
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93534424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5765326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.07725.78109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.17615521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4641512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.2528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.21887
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0830.21220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2650.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2060.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6491.51985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6161.5623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95922544
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2431085
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2484.5854
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.88335070
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.0053495
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.7734250
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 193 -
Rwork0.142 3669 -
obs--82.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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