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- PDB-3eip: CRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN: AN INHIBITOR TO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eip
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN: AN INHIBITOR TO A RIBOSOME-INACTIVATING RNASE
要素PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / RIBONUCLEASE INHIBITOR / COLICIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriocin immunity / toxic substance binding
類似検索 - 分子機能
Cloacin immunity protein / Cloacin immunity protein family / Cloacin immunity protein superfamily / Cloacin immunity protein / Chitinase A; domain 3 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Colicin E3 immunity protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Li, C. / Zhao, D. / Djebli, A. / Shoham, M.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of colicin E3 immunity protein: an inhibitor of a ribosome-inactivating RNase.
著者: Li, C. / Zhao, D. / Djebli, A. / Shoham, M.
履歴
登録1999年3月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)
B: PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6253
ポリマ－19,5592
非ポリマー651
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.070, 53.720, 36.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.98758, -0.05027, 0.14884), (-0.15473, 0.14727, -0.97692), (0.02719, -0.98782, -0.15322)
ベクター: 34.51748, 49.62875, 54.27967)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (COLICIN E3 IMMUNITY PROTEIN)


分子量: 9779.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ZINC BOUND BETWEEN CYS 47 OF A AND B CHAINS
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K12 substr. (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: W3110
解説: OVEREXPRESSION BY ADDTION OF MITOMYCIN C DURING LOG PHASE OF GROWTH
プラスミド: COLE3 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli
発現宿主: Escherichia coli str. K12 substr. W3110 (大腸菌)
株 (発現宿主): W3110 / 参照: UniProt: P02984
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化pH: 6
詳細: 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M MES BUFFER, PH 6.0, pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
21.4 Mammonium sulfate1drop
380 mMsodium chloride1drop
433 mMMES1drop
50.005 mMsodium azide1drop
60.005 mMPMSF1drop
72 Mammonium sulfate1reservoir
8100 mMMES1reservoir
9100 mMsodium chloride1reservoir
1010 mMsodium azide1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年8月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.6 Å / Num. obs: 11806 / % possible obs: 80 % / 冗長度: 2.03 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 41.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.56 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 0.78
反射
*PLUS
Num. obs: 11860 / % possible obs: 81 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 77 % / Rmerge(I) obs: 0.167

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
CNS0.4A精密化
SDMSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.8→44.6 Å / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 1175 10 %RANDOM
Rwork0.2178 ---
obs-11860 80 %-
溶媒の処理溶媒モデル: DENSITY MODIFICATION / Bsol: 36.53 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.89 Å20 Å2-2.5 Å2
2--2.525 Å20 Å2
3----1.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.29 Å0.23 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→44.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1386 0 1 118 1505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.58
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 125 10 %
Rwork0.2798 959 -
obs--0.78 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.4A / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.265 / Rfactor Rwork: 0.218
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.58
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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