PDB-3eie: Crystal Structure of S.cerevisiae Vps4 in the SO4-bound state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eie

タイトル

Crystal Structure of S.cerevisiae Vps4 in the SO4-bound state

要素

Vacuolar protein sorting-associated protein 4

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / AAA ATPase / ATP-binding cassette / ATP-binding / Endosome / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ESCRT IV complex / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / late endosome to lysosome transport via multivesicular body sorting pathway / intralumenal vesicle formation / protein retention in Golgi apparatus / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / late endosome to vacuole transport via multivesicular body sorting pathway / sterol metabolic process / nuclear membrane reassembly / multivesicular body sorting pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Gonciarz, M.D. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Kieffer, C. / Heroux, A. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Biochemical and structural studies of yeast vps4 oligomerization.
著者: Gonciarz, M.D. / Whitby, F.G. / Eckert, D.M. / Kieffer, C. / Heroux, A. / Sundquist, W.I. / Hill, C.P.

履歴

登録	2008年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eie.cif.gz	75.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eie.ent.gz	57.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3eie_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
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CIF形式データ	3eie_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/3eie	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3eihC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qpa-3 1xwi-d 2qpa-2 2zam-d 5gra-d 1eb4-d 3eih-2 6g98-1 6bsq-d 1gkm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (6) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (4) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Vacuolar protein sorting-associated protein 4

ヘテロ分子

35.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.830, 110.830, 169.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Vacuolar protein sorting-associated protein 4 / Protein END13 / DOA4-independent degradation protein 6 / Vacuolar protein-targeting protein 10 分子量: 35532.188 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 122-437 / 変異: E233Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: VPS4, CSC1, DID6, END13, GRD13, VPL4, VPT10, YPR173C, P9705.10 プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: P52917
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.55 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.6M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月12日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→33 Å / Num. obs: 17628 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_sym value: 0.098
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.4.0054	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 23.157 / SU ML: 0.224 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28701	1152	6.8 %	RANDOM
R_work	0.241	-	-	-
all	0.24402	-	-	-
obs	0.24402	15893	97.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	-0.38 Å²	0 Å²
2-	-	-0.76 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2351	0	10	35	2396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2399
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.984	3244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.347	5	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.176	24.646	99
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.984	15	437
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.695	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.105	0.2	373
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	1759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.583	1.5	1508
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.105	2	2441
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.413	3	891
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.509	4.5	803

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	78	-
R_work	0.345	1152	-
obs	-	-	98.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1361	0.3826	1.0009	4.2648	0.3165	3.2486	-0.0994	0.0633	0.0654	-0.1467	0.0626	-0.3492	-0.1944	0.2971	0.0368	0.2935	-0.0208	0.0368	0.2054	0.0074	0.2448	35.7305	11.4377	9.3823
2	2.63	-1.3972	0.0635	3.0697	-1.0078	1.3371	0.1395	-0.0337	-0.2017	-0.1747	-0.0415	-0.281	0.2462	0.3238	-0.0981	0.3326	-0.0882	-0.0618	0.271	0.0012	0.3208	36.863	3.6281	17.3038
3	2.3715	2.1261	-0.0065	4.5067	0.2895	3.5528	0.1074	0.1361	0.0926	-0.0053	0.0145	-0.0923	-0.1117	0.1874	-0.1218	0.3175	-0.0241	-0.0264	0.2044	0.0205	0.2852	29.6888	8.4897	7.6642
4	1.986	0.2827	0.6051	8.5227	1.2968	0.3571	0.0443	0.1132	0.358	-0.375	-0.1398	0.7543	-0.2432	-0.5793	0.0955	0.4198	-0.0046	0.0126	0.4357	-0.001	0.4333	9.5921	5.1727	11.3399
5	6.0413	-1.1138	-1.1018	1.7706	0.9964	1.2683	0.0736	0.2234	-0.3321	-0.0325	-0.0449	0.3728	0.0858	-0.2876	-0.0286	0.3313	-0.0201	0.002	0.2841	0.0148	0.3106	19.6014	-3.3221	9.2641
6	4.8457	-2.5468	-2.5876	4.5765	4.009	8.1419	-0.0791	-0.2731	-0.0261	0.4286	-0.1381	0.3147	0.3008	-0.1731	0.2172	0.3111	-0.0499	-0.0028	0.2173	0.0274	0.3034	25.0271	4.172	11.6417
7	2.0574	-1.0867	-2.5186	0.9002	1.0511	3.3219	-0.7144	-0.8971	0.1848	0.9314	0.2867	1.1999	-0.0383	-1.3347	0.4277	0.5092	-0.1372	0.0811	0.3516	0.0537	0.5919	9.5499	3.6012	21.7657
8	6.3511	-5.8235	0.7088	7.053	-2.2849	6.3264	-0.2267	-1.1035	-0.0575	0.2929	0.1173	0.3828	-0.1899	-0.096	0.1095	0.3243	-0.0845	0.0219	0.2334	0.0508	0.2714	18.6054	-2.5362	19.931
9	10.5136	-13.5659	-1.6024	17.5044	2.0676	0.2442	-0.2507	-0.4312	-1.6882	-0.1786	-0.853	1.7731	0.921	1.8637	1.1038	0.738	-0.1935	0.1647	0.7262	0.035	0.8202	29.0043	-8.9265	17.1808
10	6.9933	4.7104	1.1056	7.677	-4.9741	7.4356	0.3006	-0.2395	-0.5873	-0.4609	-0.3132	-0.4463	0.0473	0.4789	0.0126	0.2584	-0.0596	-0.0641	0.2459	0.0084	0.2987	28.9761	3.4535	14.6424
11	4.5057	3.1244	0.1369	4.4182	-2.5808	5.2048	0.1579	-0.7132	-0.2494	0.4587	-0.2343	0.2301	0.2272	-0.2389	0.0765	0.4535	-0.1417	0.0614	0.2545	-0.0654	0.2135	25.0738	9.3056	25.2658
12	0.0955	-0.3188	0.3358	2.7352	-1.3193	1.204	0.0034	-0.2612	-0.0714	0.1491	-0.0736	0.0066	0.0117	0.2439	0.0701	0.2829	-0.0726	-0.01	0.2078	-0.0156	0.3305	35.5042	27.9316	13.9762
13	3.363	3.8527	2.8706	6.1905	1.9572	3.4479	-0.1033	0.3092	-0.0664	-0.208	0.2898	-0.1875	-0.0199	0.3179	-0.1865	0.2989	-0.0692	-0.024	0.257	-0.0556	0.3446	37.7158	35.1554	1.4939
14	4.524	0.5429	-0.4121	4.6352	-0.673	2.2696	0.0289	-0.1409	-0.0215	0.2167	0.0157	0.1429	0.1282	-0.0864	-0.0447	0.309	-0.0787	-0.0123	0.1649	-0.0523	0.3655	30.8292	34.1036	10.6019
15	7.7219	-1.4188	4.5621	0.804	0.6109	6.5602	-0.2096	-0.3916	-0.2955	0.1513	0.405	0.6164	-0.2983	-0.7555	-0.1954	0.3979	-0.0764	-0.1172	0.2262	-0.0998	0.3758	23.6837	42.2825	-3.7678
16	1.9627	0.9863	0.6874	2.5285	-0.5132	3.6259	-0.0237	0.4222	0.605	-0.1756	0.1138	0.0107	-0.1617	0.1478	-0.0901	0.577	-0.0085	-0.0554	0.3826	0.0016	0.495	26.4281	54.0821	-10.9103
17	6.9691	2.2729	0.8693	1.6213	-0.6884	1.1882	0.181	0.0817	0.573	-0.6906	0.2114	-0.8405	-1.1953	0.582	-0.3924	0.5104	-0.0677	-0.0776	0.3578	0.0531	0.4855	29.7141	54.305	-12.8007
18	4.9358	0.3315	1.6895	0.2812	-0.0691	0.7071	0.0046	0.1922	0.3453	-0.4965	0.2015	-0.1799	-0.5628	0.3194	-0.2061	0.513	-0.006	-0.047	0.436	0.0483	0.4894	23.0472	50.3555	-16.222
19	3.7539	-0.4599	2.514	5.4094	-2.4669	8.1198	-0.1658	0.1748	0.3985	0.3381	0.1145	0.3081	-0.7663	-0.2795	0.0513	0.3486	-0.073	-0.0788	0.1285	-0.0799	0.4295	29.0045	42.2659	4.4785
20	1.7406	0.7746	-0.8499	5.8509	-5.0663	4.4065	-0.0063	-0.9246	0.8094	1.4184	0.0598	-0.3097	-0.2699	-0.9452	-0.0535	0.7003	-0.0978	-0.0268	0.2855	-0.207	0.1348	26.8187	21.7424	28.5145

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	121 - 151
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	152 - 180
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	181 - 200
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	201 - 211
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	212 - 222
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	223 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	237 - 252
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	253 - 260
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	261 - 268
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	269 - 275
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	276 - 295
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	296 - 308
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	309 - 323
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	324 - 346
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	347 - 355
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	356 - 364
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	369 - 381
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	382 - 396
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	397 - 414
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	415 - 433

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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