[日本語] English
万見
- PDB-3ehg: Crystal structure of the ATP-binding domain of DesK in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ehg
タイトルCrystal structure of the ATP-binding domain of DesK in complex with ATP
要素Sensor kinase (YocF protein)
キーワードTRANSFERASE / GHL ATPase domain / Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphoprotein phosphatase activity / phosphorelay sensor kinase activity / protein dimerization activity / protein kinase activity / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / Histidine kinase / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / IODIDE ION / Sensor histidine kinase DesK
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Buschiazzo, A.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural and enzymatic insights into the ATP binding and autophosphorylation mechanism of a sensor histidine kinase
著者: Trajtenberg, F. / Grana, M. / Ruetalo, N. / Botti, H. / Buschiazzo, A.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural plasticity and catalysis regulation of a thermosensor histidine kinase
著者: Albanesi, D. / Martin, M. / Trajtenberg, F. / Mansilla, M.C. / Haouz, A. / Alzari, P.M. / de Mendoza, D. / Buschiazzo, A.
履歴
登録2008年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sensor kinase (YocF protein)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,54815
ポリマ－14,4941
非ポリマー2,05414
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.379, 49.078, 81.436
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Sensor kinase (YocF protein) / DesK histidine kinase


分子量: 14493.550 Da / 分子数: 1 / 断片: ATP-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yocF / プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: O34757, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: pH 9, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年2月19日
放射モノクロメーター: Varimax HF mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.737→42.035 Å / Num. all: 17082 / Num. obs: 17082 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 8.616
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.737-1.824.60.5041.4981221380.50484.5
1.82-1.934.70.3741.91099523310.37498
1.93-2.064.80.2263.21059922180.22699
2.06-2.234.80.1464.91007020910.14699.3
2.23-2.444.80.1036.9936619330.10399.3
2.44-2.734.80.0838.7850217600.08399.7
2.73-3.154.90.05712.2763515710.05799.9
3.15-3.864.80.0416.4652613550.04100
3.86-5.464.70.02822.1509210790.02899.9
5.46-22.534.40.03219.326626060.03296

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MOSFLMデータ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.74→42.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / SU B: 3.918 / SU ML: 0.065 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Hydrogens have been added in the riding positions atom record contains sum of TLS and residual B anisou record contains sum of TLS and residual U
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 859 5 %RANDOM
Rwork0.164 16185 --
obs0.167 17044 98.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.94 Å2 / Biso mean: 26.488 Å2 / Biso min: 12.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→42.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 44 182 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0221084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9462.0031468
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00931781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.725136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.6325.91849
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49315209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.423155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2167
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2841.5644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3711.5263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11621046
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2113440
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9684.5418
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free14.758311
LS精密化 シェル解像度: 1.737→1.782 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 58 -
Rwork0.222 1132 -
all-1190 -
obs--94.82 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.057 Å / Origin y: 39.802 Å / Origin z: 9.312 Å
111213212223313233
T-0.1644 Å20 Å2-0.0016 Å2--0.1708 Å20.0153 Å2---0.1562 Å2
L1.387 °20.1965 °20.1913 °2-1.4112 °21.2438 °2--3.2666 °2
S0.0628 Å °0.0342 Å °-0.0111 Å °0.0238 Å °-0.0774 Å °0.037 Å °0.0568 Å °-0.1219 Å °0.0145 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る