PDB-3edc: Crystal Structure of a 1.6-hexanediol Bound Tetrameric Form of Es...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3edc

タイトル

Crystal Structure of a 1.6-hexanediol Bound Tetrameric Form of Escherichia coli Lac-repressor Refined to 2.1 Resolution

要素

Lactose operon repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Lac-repressor / allosteric / tetramer / DNA-binding / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Stenberg, K.A.E.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a 1.6-hexanediol bound tetrameric form of Escherichia coli lac-repressor refined to 2.1 A resolution
著者: Stenberg, K.A.E. / Vihinen, M.

履歴

登録	2008年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3edc.cif.gz	247.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3edc.ent.gz	201.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3edc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3edc_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3edc_full_validation.pdf.gz	488.5 KB	表示
XML形式データ	3edc_validation.xml.gz	48.9 KB	表示
CIF形式データ	3edc_validation.cif.gz	69.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/3edc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lbhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4f1n-2 4cyd-d 1na6-d 6iv9-d 9013 4q1t-d 3e2e-d 1r4n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (8) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactose operon repressor

B: Lactose operon repressor

C: Lactose operon repressor

D: Lactose operon repressor

ヘテロ分子

155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.150, 72.434, 130.566
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.96, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Lactose operon repressor 分子量: 38627.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03023
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.42 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: microseeded, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.93 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→119.4 Å / Num. obs: 81956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 %

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBH

1lbh

解像度: 2.1→60.06 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 8.57 / SU ML: 0.115 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20129	4107	5 %	RANDOM
R_work	0.15639	-	-	-
obs	0.15868	77812	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.72 Å²	0 Å²	-1.46 Å²
2-	-	1.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→60.06 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8964	0	32	553	9549

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	9108
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8648
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.504	1.974	12364
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.849	3	20064
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.691	5	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.353	24.725	364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.027	15	1564
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.679	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.195	0.2	9008
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	565
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.227	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.336	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.228	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.049	3	7605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.464	3	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.638	5	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.824	7	3416
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.552	10	2780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	304	-
R_work	0.193	5613	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.0199	-0.8917	11.113	5.3097	-4.1302	37.6553	0.4898	-1.06	-0.4035	0.5329	-0.0512	-0.4887	1.423	1.0265	-0.4386	0.2143	-0.0103	-0.0509	0.1654	0.0085	0.2299	50.4719	1.5167	20.7224
2	1.8082	0.7933	1.8438	0.7458	-0.1486	4.1851	0.1855	0.0549	0.0692	-0.1866	-0.0577	-0.278	-0.1616	0.3626	-0.1278	0.0274	0.0198	0.0443	0.0238	0.0158	0.1131	37.8521	7.4298	13.6996
3	4.6664	1.2794	-3.9582	2.1072	-2.5623	13.6868	0.2239	-0.5549	-0.1025	0.4304	-0.1131	-0.2297	-0.3662	0.0018	-0.1108	0.0519	-0.0154	-0.0293	-0.0138	0.034	0.0665	45.3679	3.2854	23.3517
4	0.1098	-0.3302	1.232	4.8898	0.4847	18.331	0.1568	0.0804	-0.0464	-0.178	0.0644	-0.1484	-0.2758	0.6539	-0.2212	0.0134	-0.0635	0.0746	0.0176	-0.0671	0.1251	53.1678	3.9501	6.3814
5	25.3195	3.9822	5.509	8.1117	0.9897	6.8353	-0.0628	-0.9481	-0.2203	0.3067	0.1789	-0.889	0.0403	0.677	-0.1161	-0.0377	0.0316	-0.0309	0.0733	-0.0366	0.1372	54.5475	0.0926	17.9252
6	4.1183	0.0941	0.4839	4.879	1.4736	7.926	0.0943	0.0817	-0.3653	0.0824	-0.0342	-0.1491	0.3343	0.3986	-0.0601	-0.007	0.019	0.0268	-0.0183	0.0189	0.1295	50.2354	-5.0512	5.8511
7	12.354	1.5309	4.1067	4.8451	1.1111	3.7758	0.2435	0.0041	-0.6927	0.1951	-0.0345	-0.4575	0.1623	-0.2322	-0.209	-0.0125	0.0072	0.0162	-0.0742	0.03	0.1268	44.5191	-8.0093	9.7299
8	4.7037	0.3313	0.7897	0.1461	-0.215	0.7295	0.1008	0.0506	-0.6039	0.1569	-0.0173	-0.0194	0.1373	0.0125	-0.0835	-0.0431	0.0112	0.0066	-0.0738	-0.0159	0.0965	30.2099	-8.9965	8.0092
9	0.9379	0.1324	-0.1623	0.785	0.0861	1.8721	0.1118	0.1243	-0.3166	-0.0336	-0.0997	-0.0068	0.1106	0.0394	-0.0121	-0.0582	0.0153	0.0286	-0.0377	-0.0459	0.0252	25.1551	-3.6845	-1.3022
10	16.0961	-1.6232	-0.2009	6.2865	-2.4639	25.8714	0.1181	-0.2876	-0.9273	-0.039	-0.2051	0.6791	0.7667	-0.4522	0.087	-0.0349	0.0003	0.0142	-0.0014	-0.099	0.2073	18.2591	-12.9054	-4.4015
11	4.9918	1.9584	2.5292	11.1605	2.4796	1.4944	-0.093	1.0183	-0.4856	-0.6024	0.1701	-0.1187	-0.3417	0.0423	-0.0771	-0.0151	0.0104	0.0742	0.1045	-0.0407	-0.0283	22.6321	-0.6677	-9.127
12	4.2611	1.9637	2.2454	3.7126	0.0591	2.4887	-0.1783	0.471	0.3937	-0.4144	-0.003	0.0955	-0.2315	0.1506	0.1813	-0.048	0.0114	0.0434	0.0075	-0.0036	-0.0627	26.2103	11.0111	-5.0769
13	1.8533	0.2878	0.3237	1.2876	0.7923	1.478	-0.0185	0.0014	-0.0438	-0.009	-0.1108	0.1288	-0.0561	-0.0531	0.1293	-0.0845	0.0054	0.0332	-0.0647	-0.0143	-0.0427	20.1155	7.7573	4.8063
14	12.243	-7.3261	3.6514	6.8707	-2.9429	3.9504	-0.1632	-0.7262	-0.1661	0.3124	0.1148	-0.3291	0.1191	0.0564	0.0485	0.0549	-0.0058	-0.0004	0.015	0.059	0.0703	39.5631	-5.0979	20.7019
15	2.3806	-0.236	-0.8387	1.5605	0.551	0.5322	-0.041	-0.3401	-0.5468	0.3594	0.0564	0.009	0.2378	-0.0833	-0.0154	0.0583	-0.0045	-0.0039	-0.0277	0.0381	0.0524	29.4834	-6.4322	14.1471
16	2.3792	-5.7043	-6.3122	13.6766	15.1342	16.7471	0.0898	0.5532	-0.1126	-0.3531	-0.3624	0.1597	-0.1395	0.4862	0.2726	0.2926	0.1391	0.0083	0.4965	-0.0733	0.3368	1.3349	7.3188	6.8191
17	18.9881	1.6348	0.5003	14.9011	9.5363	9.0667	-0.0037	0.6028	-0.2386	-0.8781	0.1141	0.6507	0.2361	0.9795	-0.1104	0.1393	0.0083	0.0105	0.298	0.0148	0.2065	1.5295	18.0208	13.1
18	22.819	-13.9393	-11.3976	31.9025	-4.0131	21.0979	-0.3853	-0.7653	2.8244	1.4449	1.0496	-0.9688	-1.817	0.7137	-0.6644	0.1984	0.0171	0.0037	0.1242	-0.1639	0.4676	-0.4498	29.5439	19.9849
19	14.2291	-0.4746	0.7812	4.4352	0.0777	7.9091	0.7028	-0.1765	0.4526	0.2751	-0.1112	-0.217	-0.1437	-0.0943	-0.5916	0.0479	-0.0154	-0.0712	-0.0766	0.0061	0.1051	50.3933	15.0589	17.7882
20	10.865	1.3563	-3.4903	1.596	-0.6661	3.6662	-0.0613	-0.217	-0.4413	0.013	-0.1146	-0.1656	-0.001	-0.0643	0.1759	-0.0646	-0.0377	0.023	-0.0691	0.012	0.0358	43.5475	17.0653	11.8229
21	5.7033	1.0983	-6.9896	6.0275	-5.3086	13.071	-0.1392	-0.2301	-0.0622	-0.0301	0.0731	-0.082	0.5999	0.1143	0.0661	0.0269	-0.0323	-0.0383	0.0114	-0.0064	0.0772	51.7811	14.1477	14.2791
22	44.2415	4.2209	23.9912	16.0525	7.2777	30.9619	-0.1881	-0.5737	-0.5474	0.4529	0.008	1.2207	1.3709	-0.8392	0.1801	0.2939	-0.1413	0.1229	0.3009	0.0869	0.1774	41.526	14.5093	31.7686
23	4.584	-1.1863	-2.6673	3.8224	3.1682	7.026	-0.3826	-0.2813	0.0151	0.6579	0.3428	-0.3937	0.7046	0.4322	0.0398	0.1423	0.016	-0.0549	0.0912	-0.001	0.077	51.7002	16.501	25.6385
24	3.4769	-0.8752	-2.3232	2.9594	0.9212	6.2393	-0.0967	-0.6476	0.3614	0.4189	0.1157	-0.2843	-0.1867	0.2773	-0.019	0.0519	-0.0896	-0.0493	0.0814	-0.0993	0.0945	50.0611	27.1154	27.0208
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67	7.2154	2.1746	2.5275	2.182	1.6069	2.7751	-0.1329	0.4765	0.4845	-0.4194	0.1042	-0.1734	-0.5681	0.2696	0.0287	0.3509	0.0028	0.0567	0.1113	0.0193	0.1308	21.7778	37.6667	40.203
68	41.1054	-9.209	-14.5772	2.2241	1.2394	30.6804	-1.8082	0.2608	-2.9104	0.6565	0.0876	0.602	1.1401	-2.5409	1.7206	0.3666	0.0816	-0.1472	0.5798	-0.2616	0.4075	-11.4452	28.8099	30.1712
69	3.9113	-4.8096	0.0821	15.1118	0.6094	3.0117	-0.2124	-0.4378	0.4962	0.8347	0.2531	-0.2805	-0.1319	-0.0851	-0.0408	0.0078	0.0416	-0.0418	0.1329	-0.0596	0.0667	-1.2654	17.6158	22.4048
70	24.1482	-12.7915	2.3615	7.0009	-1.4498	0.4066	0.3746	1.4346	-1.4346	-0.8098	-0.4873	0.5481	0.3846	1.0217	0.1127	0.2103	0.2204	-0.1179	0.2811	-0.1228	0.1163	4.4461	1.7867	14.8214

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	61 - 68	61 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	69 - 82	69 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	83 - 99	83 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	100 - 115	100 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	116 - 124	116 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	125 - 142	125 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	143 - 154	143 - 154
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	155 - 173	155 - 173
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	174 - 205	174 - 205
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	206 - 210	206 - 210
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	211 - 216	211 - 216
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	217 - 236	217 - 236
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	237 - 290	237 - 290
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	291 - 307	291 - 307
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	308 - 332	308 - 332
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	333 - 343	333 - 343
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	344 - 349	344 - 349
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	350 - 360	350 - 360
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	B	61 - 71	61 - 71
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	B	72 - 88	72 - 88
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	B	89 - 99	89 - 99
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	B	100 - 105	100 - 105
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	B	106 - 129	106 - 129
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	B	130 - 159	130 - 159
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	B	160 - 177	160 - 177
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	B	178 - 206	178 - 206
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	B	207 - 215	207 - 215
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	B	216 - 226	216 - 226
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	B	227 - 234	227 - 234
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	B	235 - 288	235 - 288
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	B	289 - 306	289 - 306
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	B	307 - 320	307 - 320
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	B	321 - 333	321 - 333
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	B	334 - 343	334 - 343
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	B	344 - 354	344 - 354
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	B	355 - 360	355 - 360
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	C	61 - 68	61 - 68
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	C	69 - 88	69 - 88
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	C	89 - 97	89 - 97
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	C	98 - 111	98 - 111
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	C	112 - 123	112 - 123
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	C	124 - 154	124 - 154
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	C	155 - 178	155 - 178
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	C	179 - 184	179 - 184
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	C	185 - 206	185 - 206
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	C	207 - 213	207 - 213
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	C	214 - 223	214 - 223
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	C	224 - 290	224 - 290
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	C	291 - 298	291 - 298
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	C	299 - 311	299 - 311
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	C	312 - 337	312 - 337
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	C	338 - 354	338 - 354
53	X-RAY DIFFRACTION	53	C	C	355 - 360	355 - 360
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	D	61 - 69	61 - 69
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	D	70 - 93	70 - 93
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	D	94 - 110	94 - 110
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58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	D	122 - 159	122 - 159
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69	X-RAY DIFFRACTION	69	D	D	339 - 353	339 - 353
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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