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- PDB-3eck: Structure of E323L Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase from Brevi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3eck
タイトルStructure of E323L Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase from Brevibacterium fuscum in complex with putative O-O bond cleavage intermediate formed via in crystallo reaction with 4-sulfonyl catechol at low oxygen concentrations
要素PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygenase / extradiol / FeII / crystal packing / Dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain ...homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase fold / homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase domains / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, Mn/Fe-type / 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase, C-terminal domain superfamily / : / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Few Secondary Structures / Irregular / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XXG / Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brevibacterium fuscum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Intermediate in the O-O Bond Cleavage Reaction of an Extradiol Dioxygenase.
著者: Kovaleva, E.G. / Lipscomb, J.D.
履歴
登録2008年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)
B: PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)
C: PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)
D: PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,32821
ポリマ－166,9574
非ポリマー1,37017
水25,0951393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16760 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area43620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.735, 163.176, 101.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PROTEIN (Homoprotocatechuate 2,3-dioxygenase)


分子量: 41739.363 Da / 分子数: 4 / 変異: E323L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brevibacterium fuscum (バクテリア)
株: ATCC 15993 / 遺伝子: hpcd / プラスミド: pYZW204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q45135, 3,4-dihydroxyphenylacetate 2,3-dioxygenase

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非ポリマー , 6種, 1410分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-XXG / 3,3-dihydroxy-4-oxocyclohexa-1,5-diene-1-sulfonic acid / 1,1-dihydroxy-2-keto-5-sulfonyl-cyclohexa-3,5-diene


分子量: 206.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6O6S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 18% PEG8000, 0.1M Ca acetate, 0.1M Na cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97903 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→55 Å / Num. all: 240583 / Num. obs: 222399 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 19.22
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.342 / Mean I/σ(I) obs: 3.067 / Num. unique all: 17442 / % possible all: 73.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 2IG9

2ig9


解像度: 1.6→24.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 1.553 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19767 11135 5 %RANDOM
Rwork0.17401 ---
obs0.17521 211226 92.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.045 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11596 0 71 1393 13060
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02112264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2971.94716720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.70451518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.27723.463667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.249151961
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.86615108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029764
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.25983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.28397
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.110.21360
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1970.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.71.57501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.078211870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.76935371
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7154.54825
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 598 -
Rwork0.292 11609 -
obs--69.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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