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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ecd
タイトルCrystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Burkholderia pseudomallei
要素Serine hydroxymethyltransferase 2
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / deCODE / BupsA00008a / One-carbon metabolism / Pyridoxal phosphate / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from L-serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine hydroxymethyltransferase 2 / Serine hydroxymethyltransferase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of serine hydroxymethyltransferase from Burkholderia pseudomallei
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2008年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase 2
B: Serine hydroxymethyltransferase 2
C: Serine hydroxymethyltransferase 2
D: Serine hydroxymethyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)182,7158
ポリマ－182,3474
非ポリマー3684
水28,9501607
1
A: Serine hydroxymethyltransferase 2
D: Serine hydroxymethyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3584
ポリマ－91,1732
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28470 Å2
手法PISA
2
B: Serine hydroxymethyltransferase 2
C: Serine hydroxymethyltransferase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,3584
ポリマ－91,1732
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6210 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.212, 61.865, 117.577
Angle α, β, γ (deg.)97.790, 89.970, 110.240
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase 2 / Serine methylase 2 / SHMT 2


分子量: 45586.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: glyA2, BPSS0547 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q63MV1, UniProt: Q3JGP5*PLUS, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1607 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE TARGETDB ID BUPSA00008A DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PACT SCREEN CONDITION C6, 20% PEG 6000, 0.2 M NaCl, 0.1 M HEPES-KOH pH 7.0, 24.1 mg/mL protein, 0.4/0.4 uL drops, Crystal ID 109933C6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99994 Å
検出器日付: 2008年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99994 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→58.222 Å / Num. all: 408650 / Num. obs: 190206 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 12.358
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.6-1.692.10.4081.854497253830.40886.4
1.69-1.792.20.2792.757302263350.27994.8
1.79-1.912.20.1664.453937248820.16695.4
1.91-2.072.20.0997.350523233450.09995.9
2.07-2.262.20.06310.146376215360.06396.2
2.26-2.532.10.04515.241861194990.04596.4
2.53-2.922.10.03419.136732172520.03496.8
2.92-3.582.10.02622.130534145010.02696.5
3.58-5.062.10.02225.522921111640.02296.2
5.06-58.222.20.02126.21396763090.02199

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KKJ

1kkj


解像度: 1.6→58.222 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.208 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.87 / SU B: 1.824 / SU ML: 0.064 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / SU Rfree: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 9593 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 190195 94.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.39 Å2 / Biso mean: 20.891 Å2 / Biso min: 6.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å20.52 Å2-0.09 Å2
2--1.13 Å20.24 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→58.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11605 0 24 1607 13236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211811
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.96215975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.33319325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.45251528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.73123.674528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.699151932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.93415100
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.21839
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02113368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4761.57630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0861.53162
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.911212141
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.47234181
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5954.53834
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 554 -
Rwork0.276 11137 -
all-11691 -
obs--78.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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