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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ecc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the DnaC helicase loader in complex with ADP-BeF3 | ||||||
要素 | DNA replication protein DnaC | ||||||
キーワード | REPLICATION / Helicase loader / replication initiation factor / ATP-binding / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Mott, M.L. / Erzberger, J.P. / Coons, M.M. / Berger, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008 タイトル: Structural synergy and molecular crosstalk between bacterial helicase loaders and replication initiators. 著者: Mott, M.L. / Erzberger, J.P. / Coons, M.M. / Berger, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3ecc.cif.gz | 50 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3ecc.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3ecc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ecc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/3ecc | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21248.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: dnaC, aq_910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67056 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-BEF / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / pH: 8 詳細: 50mM Tris, 1% PEG 6000, 1mM TCEP, 2mM ADP, 5mM MgCl2, 4mM BeCl2, 12mM NaF, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11588 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11588 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.12→73 Å / Num. obs: 5408 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 5.7 / Net I/σ(I): 11.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.23 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.597 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→50 Å
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原子変位パラメータ | Biso mean: 57.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→50 Å
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