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- PDB-3ec8: The crystal structure of the RA domain of FLJ10324 (RADIL) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ec8
タイトルThe crystal structure of the RA domain of FLJ10324 (RADIL)
要素Putative uncharacterized protein FLJ10324
キーワードCELL ADHESION / beta barrel / helix / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


neural crest cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / GTPase binding / microtubule / signal transduction / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Rasip1/Radil, cargo-binding domain / : / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain ...Rasip1/Radil, cargo-binding domain / : / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Ras association (RalGDS/AF-6) domain / Dilute domain / DIL domain / Dilute domain profile. / DIL / Ras-associating (RA) domain profile. / Ras-associating (RA) domain / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / SMAD/FHA domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LEAD (II) ION / Ras-associating and dilute domain-containing protein / Ras-associating and dilute domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Olesen, K. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wikstrom, M. / Berglund, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: The crystal structure of the RA domain of FLJ10324 (RADIL)
著者: Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / ...著者: Wisniewska, M. / Lehtio, L. / Andersson, J. / Arrowsmith, C.H. / Collins, R. / Dahlgren, L.G. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nilsson, M.E. / Nordlund, P. / Nyman, T. / Olesen, K. / Persson, C. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / van den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wikstrom, M. / Berglund, H.
履歴
登録2008年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein FLJ10324
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1045
ポリマ－18,5621
非ポリマー5424
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Putative uncharacterized protein FLJ10324
ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein FLJ10324
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,20810
ポリマ－37,1242
非ポリマー1,0848
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-y,-x,-z-1/31
Buried area4910 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area15010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.080, 46.080, 135.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number151
Space group name H-MP3112

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein FLJ10324


分子量: 18561.910 Da / 分子数: 1 / 断片: RA domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 pRARE / 参照: UniProt: A4D1Z5, UniProt: Q96JH8*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PB / LEAD (II) ION


分子量: 207.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pb
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.4M Ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, 35 %(v/v) MPD , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.00849, 0.91841, 0.97968
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月27日 / 詳細: Double crystal monochromator with 2 sets of mirrors
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.008491
20.918411
30.979681
反射解像度: 2.6→19.74 Å / Num. obs: 9816 / % possible obs: 99.23 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
REFMAC5.5.0035精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.6→11.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 26.771 / SU ML: 0.259 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.143 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27009 524 10 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.23149 4715 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.731 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→11.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 9 9 1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221101
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1071.9771481
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82431873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2615136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01223.33351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.24315192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0921511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2164
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4461.5687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0621.5282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.84221091
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.043414
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8434.5390
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 37 -
Rwork0.304 333 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.63531.7564-1.51476.44790.15895.8203-0.0703-0.28570.21260.12860.0502-0.0217-0.6647-0.09060.02010.11850.0418-0.04720.0624-0.02960.0687-19.35116.826-11.041
22.45560.84790.2517.78021.07565.2036-0.0651-0.14770.16390.41-0.23310.03940.6199-0.41530.29820.1258-0.08540.07070.0988-0.05820.0997-23.0542.282-11.607
30.2840.5852-0.34577.72011.79749.723-0.119-0.1060.15710.4006-0.15240.50320.2485-1.41060.27140.14120.0356-0.04810.3996-0.10950.1762-27.0877.064-18.704
43.117-0.87523.39031.73620.766712.6038-0.0558-0.01810.45260.1159-0.34770.1070.2899-0.7370.40360.118-0.01320.04440.1218-0.00770.1732-26.518-8.403-40.562
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA41 - 7114 - 44
2X-RAY DIFFRACTION2AA74 - 14247 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3AA143 - 165116 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4AA166 - 189139 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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