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- PDB-3ebe: Crystal structure of xenopus laevis replication initiation factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ebe
タイトルCrystal structure of xenopus laevis replication initiation factor MCM10 internal domain
要素Protein MCM10 homolog
キーワードREPLICATION / OB-FOLD / ZINC FINGER / CCCH / DNA replication / Metal-binding / Nucleus / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear replication fork / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / single-stranded DNA binding / DNA damage response / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Replication factor Mcm10, C-terminal / : / Mcm10, C-terminal zinc binding motif / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...Replication factor Mcm10, C-terminal / : / Mcm10, C-terminal zinc binding motif / Mcm10 replication factor / Zinc finger, Mcm10/DnaG-type / Minichromosome maintenance protein 10 / Primase zinc finger / MCM10 OB-fold / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein MCM10 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Warren, E.M. / Eichman, B.F.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structural basis for DNA binding by replication initiator mcm10.
著者: Warren, E.M. / Vaithiyalingam, S. / Haworth, J. / Greer, B. / Bielinsky, A.K. / Chazin, W.J. / Eichman, B.F.
履歴
登録2008年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein MCM10 homolog
B: Protein MCM10 homolog
C: Protein MCM10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2966
ポリマ－68,1003
非ポリマー1963
水2,684149
1
A: Protein MCM10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7652
ポリマ－22,7001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein MCM10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7652
ポリマ－22,7001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein MCM10 homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7652
ポリマ－22,7001
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.565, 94.414, 69.775
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein MCM10 homolog


分子量: 22699.984 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 230-427 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: mcm10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EAW4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 4000, TRIS, KSCN, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID111
シンクロトロンAPS 22-ID21.0388, 1.0311, 1.0370
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2007年3月10日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2006年6月10日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.03881
31.03111
41.0371
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 29404 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 48.4 Å2 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 27.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 2882 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→44.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.508 / SU ML: 0.178 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.305 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 1481 5.1 %RANDOM
Rwork0.2023 ---
all0.2046 ---
obs0.2046 28929 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.685 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.65 Å20 Å2-0.73 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3---0.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4123 0 3 149 4275
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224199
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5721.9615644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9195508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58424.948192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.02615821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4881523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023068
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22762
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2210
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0420.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7811.52646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36924126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.81431771
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9734.51518
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.424 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 221 -
Rwork0.253 3896 -
obs-4117 98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4409-0.39430.53451.537-0.27181.5174-0.10630.1207-0.0345-0.00680.0106-0.0127-0.0821-0.1240.0957-0.0306-0.04280.0039-0.10080.0074-0.0838-22.6457-43.028716.6471
26.18780.36491.20240.5035-0.00232.07130.0358-0.0152-0.16690.03320.0949-0.0291-0.01530.0441-0.1307-0.12540.00690.006-0.1462-0.0453-0.1278-41.3084-68.40556.865
32.4701-0.3639-0.64772.35431.03852.76450.00840.01790.0308-0.058-0.1613-0.05-0.022-0.23090.1529-0.1059-0.05350.0052-0.1059-0.0365-0.1372-20.758-20.18129.7032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA235 - 2978 - 70
2X-RAY DIFFRACTION1AA305 - 41378 - 186
3X-RAY DIFFRACTION1A500
4X-RAY DIFFRACTION2BB235 - 2968 - 69
5X-RAY DIFFRACTION2BB305 - 40878 - 181
6X-RAY DIFFRACTION2B501
7X-RAY DIFFRACTION3CC231 - 2974 - 70
8X-RAY DIFFRACTION3CC306 - 35079 - 123
9X-RAY DIFFRACTION3CC355 - 419128 - 192
10X-RAY DIFFRACTION3C502

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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