PDB-3e8e: Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with AT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e8e

タイトル

Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors

要素

PKI inhibitor peptide
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / PKA / AKT2 / kinase / PKI / bovine / inhibitor / ATP-binding / cAMP / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold / sperm capacitation / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Mitochondrial protein degradation / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / regulation of proteasomal protein catabolic process / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Concha, N.O. / Elkins, P.A. / Smallwood, A. / Ward, P.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Aminofurazans as potent inhibitors of AKT kinase
著者: Rouse, M.B. / Seefeld, M.A. / Leber, J.D. / McNulty, K.C. / Sun, L. / Miller, W.H. / Zhang, S. / Minthorn, E.A. / Concha, N.O. / Choudhry, A.E. / Schaber, M.D. / Heerding, D.A.

履歴

登録	2008年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年11月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2014年11月19日	Group: Non-polymer description
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3e8e.ent.gz	366.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e8e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e8e_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e8e_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	3e8e_validation.xml.gz	94.6 KB	表示
CIF形式データ	3e8e_validation.cif.gz	116.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e8e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/3e8e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e87C 3e88C 3e8cC 3e8dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e8c-1 4dfz-d 3e8c-4 3amb-d 5ol3-d 4ujb-d 6y2u-d 1xh7-d 5n23-d 4uj9-d 5nw8-d 6y89-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

G: PKI inhibitor peptide

B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

C: PKI inhibitor peptide

E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

F: PKI inhibitor peptide

I: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

J: PKI inhibitor peptide

L: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

N: PKI inhibitor peptide

P: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Q: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

261 kDa, 12 ポリマー
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1

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

G: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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43.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

C: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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43.5 kDa, 2 ポリマー
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3

E: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

F: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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4

I: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

J: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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5

L: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

N: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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6

P: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Q: PKI inhibitor peptide

ヘテロ分子

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43.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.578, 95.848, 179.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	E
4	1	I
5	1	L
6	1	P
1	2	G
2	2	C
3	2	F
4	2	J
5	2	N
6	2	Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PHE	PHE	A	A	17 - 350	17 - 350
2	1	GLU	GLU	PHE	PHE	B	C	17 - 350	17 - 350
3	1	GLU	GLU	PHE	PHE	E	E	17 - 350	17 - 350
4	1	GLU	GLU	PHE	PHE	I	G	17 - 350	17 - 350
5	1	GLU	GLU	PHE	PHE	L	I	17 - 350	17 - 350
6	1	GLU	GLU	PHE	PHE	P	K	17 - 350	17 - 350
1	2	TYR	TYR	HIS	HIS	G	B	7 - 23	3 - 19
2	2	TYR	TYR	HIS	HIS	C	D	7 - 23	3 - 19
3	2	TYR	TYR	HIS	HIS	F	F	7 - 23	3 - 19
4	2	TYR	TYR	HIS	HIS	J	H	7 - 23	3 - 19
5	2	TYR	TYR	HIS	HIS	N	J	7 - 23	3 - 19
6	2	TYR	TYR	HIS	HIS	Q	L	7 - 23	3 - 19

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 40786.395 Da / 分子数: 6 / 断片: CAMP-DEPENDENT PKA kinase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: PKA, PRKACA / プラスミド: pDEST14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	PKI inhibitor peptide 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. IT IS FOUND NATURALLY IN BOVINE. 参照: UniProt: Q3SX13
#3: 化合物	ChemComp-G98 / 4-[2-(4-amino-2,5-dihydro-1,2,5-oxadiazol-3-yl)-6-{[(1S)-3-amino-1-phenylpropyl]oxy}-1-ethyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl]-2-methylbut-3-yn-2-ol 分子量: 463.532 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₉N₇O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.12 %
結晶化	温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 13-17% PEG 3K-20K, 100 mM MES pH 6.5 or acetate 4.6, 1-15% methanol. Seeded, pH 4.5 - 6.5, vapor diffusion, temperature 273K PH範囲: 4.5 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日 / 詳細: un-focused beam
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→42.03 Å / Num. obs: 211201 / % possible obs: 73.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.09
反射シェル	解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.82 / % possible all: 17.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
JDirector		データ収集
HKL-2000		データ削減
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 2→42.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.838 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.23 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2794	8636	5 %	RANDOM
R_work	0.24311	-	-	-
obs	0.24492	163336	93.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.635 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.55 Å²	0 Å²	-1.53 Å²
2-	-	3.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→42.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17910	0	204	336	18450

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	18613
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12911
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.234	1.967	25160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.795	3	31296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.423	5	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.979	23.974	926
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.354	15.046	3275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.431	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	20434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	3796
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.176	0.2	13029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	9084
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	9320
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	668
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.176	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.288	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.163	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	11789
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.112	1.5	4401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.69	2	17509
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.905	3	8743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.334	4.5	7644
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1970	medium positional	0.22	0.5
1	2	B	1970	medium positional	0.24	0.5
1	3	E	1970	medium positional	0.21	0.5
1	4	I	1970	medium positional	0.28	0.5
1	5	L	1970	medium positional	0.19	0.5
1	6	P	1970	medium positional	0.22	0.5
2	1	G	100	medium positional	0.14	0.5
2	2	C	100	medium positional	0.2	0.5
2	3	F	100	medium positional	0.24	0.5
2	4	J	100	medium positional	0.18	0.5
2	5	N	100	medium positional	0.33	0.5
2	6	Q	100	medium positional	0.44	0.5
1	1	A	2766	loose positional	0.4	5
1	2	B	2766	loose positional	0.43	5
1	3	E	2766	loose positional	0.51	5
1	4	I	2766	loose positional	0.66	5
1	5	L	2766	loose positional	0.47	5
1	6	P	2766	loose positional	0.42	5
2	1	G	133	loose positional	0.54	5
2	2	C	133	loose positional	0.66	5
2	3	F	133	loose positional	0.6	5
2	4	J	133	loose positional	0.44	5
2	5	N	133	loose positional	0.66	5
2	6	Q	133	loose positional	0.59	5
1	1	A	1970	medium thermal	0.42	2
1	2	B	1970	medium thermal	0.37	2
1	3	E	1970	medium thermal	0.54	2
1	4	I	1970	medium thermal	0.57	2
1	5	L	1970	medium thermal	0.68	2
1	6	P	1970	medium thermal	0.67	2
2	1	G	100	medium thermal	0.44	2
2	2	C	100	medium thermal	0.47	2
2	3	F	100	medium thermal	0.58	2
2	4	J	100	medium thermal	0.33	2
2	5	N	100	medium thermal	0.27	2
2	6	Q	100	medium thermal	0.69	2
1	1	A	2766	loose thermal	0.9	10
1	2	B	2766	loose thermal	0.85	10
1	3	E	2766	loose thermal	1.06	10
1	4	I	2766	loose thermal	1.08	10
1	5	L	2766	loose thermal	1.19	10
1	6	P	2766	loose thermal	1.21	10
2	1	G	133	loose thermal	1.31	10
2	2	C	133	loose thermal	1.11	10
2	3	F	133	loose thermal	1.24	10
2	4	J	133	loose thermal	1.27	10
2	5	N	133	loose thermal	0.69	10
2	6	Q	133	loose thermal	1.34	10

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	463	-
R_work	0.318	9514	-
obs	-	-	73.57 %

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