PDB-3e6u: Crystal structure of Human LanCL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e6u

タイトル

Crystal structure of Human LanCL1

要素

LanC-like protein 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Alpha Barrel / Cytoplasm

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide modification / glutathione binding / cellular detoxification / low-density lipoprotein particle receptor binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / G protein-coupled receptor activity / SH3 domain binding / carbohydrate metabolic process / G protein-coupled receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Zhang, W. / Zhu, G. / Li, X. / Rao, Z. / Zhang, C.

引用

ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2009
タイトル: Structure of human lanthionine synthetase C-like protein 1 and its interaction with Eps8 and glutathione
著者: Zhang, W. / Wang, L. / Liu, Y. / Xu, J. / Zhu, G. / Cang, H. / Li, X. / Bartlam, M. / Hensley, K. / Li, G. / Rao, Z. / Zhang, X.C.

履歴

登録	2008年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e6u.cif.gz	320.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e6u.ent.gz	262.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e6u_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e6u_full_validation.pdf.gz	518.2 KB	表示
XML形式データ	3e6u_validation.xml.gz	61.9 KB	表示
CIF形式データ	3e6u_validation.cif.gz	84.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e73C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e73-1 1fo2-d 5kij-d 4zn4-2 5kk7-1 4raa-d 3e73-2 5ams-1 1krf-1 1fmi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: LanC-like protein 1

C: LanC-like protein 1

B: LanC-like protein 1

D: LanC-like protein 1

ヘテロ分子

188 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LanC-like protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: LanC-like protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: LanC-like protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: LanC-like protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	194.278, 194.278, 211.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	LanC-like protein 1 / 40 kDa erythrocyte membrane protein / p40 / LanCL1 分子量: 46884.621 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LANCL1 / プラスミド: pHAT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O43813
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.189906 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.128937 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 1.5M ammonium formate, 0.1M bicine, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	日付: 2006年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→32.6 Å / Num. obs: 130560 / % possible obs: 92.22 %
反射シェル	解像度: 2.6→2.667 Å / % possible all: 84.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.6→32.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.467 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27526	5266	4 %	RANDOM
R_work	0.24601	-	-	-
obs	0.24718	125294	92.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.772 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12972	0	4	252	13228

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	13361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.957	18108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.218	5	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.195	23.56	632
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.161	15	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.353	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	10357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.38	1.5	8042
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.707	2	12858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.661	3	5319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.044	4.5	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.53	383	-
R_work	0.507	8340	-
obs	-	-	84.22 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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