PDB-3e5l: Crystal structure of CYP105P1 H72A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e5l

タイトル

Crystal structure of CYP105P1 H72A mutant

要素

Cytochrome P450 (Cytochrome P450 hydroxylase)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / P450 / Heme / Iron / Metal-binding / Monooxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Xu, L.H. / Fushinobu, S. / Ikeda, H. / Wakagi, T. / Shoun, H.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of cytochrome P450 105P1 from Streptomyces avermitilis: conformational flexibility and histidine ligation state
著者: Xu, L.H. / Fushinobu, S. / Ikeda, H. / Wakagi, T. / Shoun, H.

履歴

登録	2008年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年11月10日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e5l.cif.gz	98 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e5l.ent.gz	73.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e5l_validation.pdf.gz	802.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e5l_full_validation.pdf.gz	814.9 KB	表示
XML形式データ	3e5l_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	3e5l_validation.cif.gz	29 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e5jSC 3e5kC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5y5m-2 2ygx-3 5y5m-1 1rom-d 1f25-d 6zi2-3 5y5k-1 1q5d-d 1cmn-d 2rom-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 (Cytochrome P450 hydroxylase)

ヘテロ分子

45 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Cytochrome P450 (Cytochrome P450 hydroxylase)

ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 (Cytochrome P450 hydroxylase)

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
90 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.635, 88.635, 191.473
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Cytochrome P450 (Cytochrome P450 hydroxylase) / CYP105P1 分子量: 44362.426 Da / 分子数: 1 / 変異: H72A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 株: MA-4680 / 遺伝子: pteC, SAV413, SAV_413 / プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3) / 参照: UniProt: Q93H81
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.98 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4.2M sodium formate, pH8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月31日
放射	モノクロメーター: Triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 30777 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 53.116 Å² / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 48.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 12.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / R_sym value: 0.472 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3E5J

3e5j

解像度: 2.4→40.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 10.357 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23533	1539	5 %	RANDOM
R_work	0.18401	-	-	-
obs	0.18656	29066	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.172 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.194 Å	0.206 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3046	0	43	225	3314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	3158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.186	2.011	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.692	5	393
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.755	23.197	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.03	15	504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.444	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	482
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.262	1.5	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.994	2	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.317	3	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.233	4.5	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	110	-
R_work	0.225	2105	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.5756	3.1787	-1.2414	4.1816	-2.2302	2.672	-0.1149	0.17	-0.4508	-0.5149	-0.0212	-0.5072	1.0003	0.4117	0.1361	0.301	0.1237	0.0119	-0.1073	-0.0263	0.0044	-15.5997	-13.6897	-32.2202
2	0.1004	0.4685	0.0529	3.8121	1.995	4.1301	0.117	-0.2117	-0.0969	0.5108	0.1831	-0.4002	0.4195	0.3132	-0.3001	0.1216	0.0028	-0.0399	-0.0428	0.0129	0.0912	-20.1367	-10.15	-15.1953
3	1.2317	0.0537	0.1195	1.9555	-0.0081	3.3245	-0.074	0.004	0.1581	0.1812	-0.0686	-0.1829	-0.2391	0.3525	0.1426	0.1143	0.0064	-0.0661	-0.0059	0.0264	0.0853	-6.0202	14.1341	-16.2268
4	3.8966	-4.6719	-0.2889	11.6565	0.0469	2.541	0.0769	0.3103	-0.0254	-0.2752	-0.2587	-0.2429	0.143	0.5235	0.1818	0.1292	-0.0261	-0.1037	0.1969	0.0912	0.0194	0.5613	3.2961	-5.9433
5	0.8585	-0.034	-0.0168	1.3495	0.1104	3.6796	-0.0435	-0.1132	0.0562	0.2053	-0.0129	-0.0343	0.064	0.1153	0.0564	0.1158	0.0357	-0.0083	0.0386	-0.004	0.1459	-11.8713	9.2863	-19.6844
6	1.6866	0.9392	-0.7511	2.3432	-1.0166	1.7282	0.0821	0.0251	0.0073	0.0034	0.0046	0.1375	0.1784	-0.165	-0.0866	0.1407	0.0087	-0.0414	0	0.0026	0.1079	-24.3792	-4.8116	-26.009
7	3.3053	-0.123	-0.7071	1.7035	0.1475	3.1667	-0.0829	0.2153	-0.2641	-0.1968	-0.0566	-0.294	0.2449	0.5212	0.1395	0.0911	0.0576	0.0023	0.0327	0.0119	0.0673	-3.7906	6.5931	-30.1372

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	7 - 33	7 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 91	34 - 91
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	92 - 171	92 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	172 - 199	172 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	200 - 288	200 - 288
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	289 - 346	289 - 346
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	347 - 400	347 - 400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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