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- PDB-3e54: Archaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed W... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+54
タイトルArchaeal Intron-encoded Homing Endonuclease I-Vdi141I Complexed With DNA
要素
  • DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DCP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DA)-3')
  • RRNA intron-encoded endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / LAGLIDADG / homing / endonuclease / DNA recognition / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / LAGLIDADG endonuclease / Homing endonucleases / Endonuclease I-creI / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Homing endonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / DNA / DNA (> 10) / rRNA intron-encoded endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Vulcanisaeta distributa (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nomura, N. / Nomura, Y. / Sussman, D. / Stoddard, B.L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Recognition of a common rDNA target site in archaea and eukarya by analogous LAGLIDADG and His-Cys box homing endonucleases
著者: Nomura, N. / Nomura, Y. / Sussman, D. / Klein, D. / Stoddard, B.L.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年3月12日Group: Derived calculations
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RRNA intron-encoded endonuclease
B: RRNA intron-encoded endonuclease
C: DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
D: DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DA)-3')
E: DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DCP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')
F: DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,90614
ポリマ－52,6466
非ポリマー2608
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13460 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area16740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.580, 66.580, 217.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RRNA intron-encoded endonuclease / Homing Endonuclease I-Vdi141I


分子量: 19616.646 Da / 分子数: 2 / 変異: I65M, I107M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vulcanisaeta distributa (古細菌) / 株: IC-141 / 遺伝子: 23S rRNA intron (Vdi141.L1927) / プラスミド: pVdiI65M/I107M-10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIL
参照: UniProt: Q6L703, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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DNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DCP*DTP*DGP*DAP*DCP*DTP*DCP*DTP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')


分子量: 3901.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: I-Vdi141I DNA Target Site
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DGP*DTP*DAP*DGP*DCP*DCP*DAP*DA)-3')


分子量: 2764.837 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: I-Vdi141I DNA Target Site
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DTP*DGP*DGP*DCP*DTP*DAP*DCP*DCP*DTP*DTP*DAP*DA)-3')


分子量: 3941.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: I-Vdi141I DNA Target Site
#5: DNA鎖 DNA (5'-D(P*DGP*DAP*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DAP*DG)-3')


分子量: 2804.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: I-Vdi141I DNA Target Site

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非ポリマー , 3種, 121分子

#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 9% ethanol, 100mM MgCl2, 100mM HEPES-NaOH, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ethanol11
2MgCl211
3HEPES-NaOH11
4H2O11
5MgCl212
6HEPES-NaOH12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97911, 0.97945
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979111
20.979451
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. obs: 23652 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 21.4 % / Rmerge(I) obs: 0.252 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.16 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2019520.67 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1798 9.9 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.231 18252 96.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.9873 Å2 / ksol: 0.335746 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.13 Å2-1.58 Å20 Å2
2--6.13 Å20 Å2
3----12.25 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.34 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 898 14 113 3635
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.07
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it4.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.832
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it6.232
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it8.072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 310 10.5 %
Rwork0.309 2645 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5EtOH.paramEtOH.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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