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- PDB-3e4v: Crystal structure of NADH:FMN oxidoreductase like protein in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e4v
タイトルCrystal structure of NADH:FMN oxidoreductase like protein in complex with FMN (YP_544701.1) from METHYLOBACILLUS FLAGELLATUS KT at 1.40 A resolution
要素NADH:FMN oxidoreductase like protein
キーワードFLAVOPROTEIN / YP_544701.1 / NADH:FMN oxidoreductase like protein in complex with FMN / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH group of donors, NAD or NADP as acceptor / FMN binding
類似検索 - 分子機能
: / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Flavin reductase like domain / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Flavin reductase like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of NADH:FMN oxidoreductase like protein in complex with FMN (YP_544701.1) from METHYLOBACILLUS FLAGELLATUS KT at 1.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:FMN oxidoreductase like protein
B: NADH:FMN oxidoreductase like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,84412
ポリマ－42,3522
非ポリマー1,49210
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.010, 64.840, 100.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 181 / Label seq-ID: 4 - 182

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NADH:FMN oxidoreductase like protein


分子量: 21175.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacillus flagellatus KT (バクテリア)
遺伝子: YP_544701.1, Mfla_0590 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q1H3S7

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非ポリマー , 6種, 383分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2M calcium acetate, 30.0% polyethylene glycol 400, 0.1M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL1-5
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月28日
詳細: 1m long Rh coated bent cylindrical mirror forhorizontal and vertical focussing
放射モノクロメーター: Double-crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.4→29.683 Å / Num. obs: 64048 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 13.374 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 17.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.4-1.450.4531.8196051080987.2
1.45-1.510.3582.7294301258998.2
1.51-1.580.2744.3380651246099.5
1.58-1.660.1886.3365041184099.5
1.66-1.760.139.1367941187899.4
1.76-1.90.08313.7398671279499.4
1.9-2.090.0521.2381281225499.4
2.09-2.390.03428.9383661227199.3
2.39-3.010.02537.2385691230199
3.010.01850.2384301231398.4

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0069精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→29.683 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.051
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1). HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2). A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3). FLAVIN MONONUCLEOTIDE (FMN) MOLECULES WERE COCRYSTALLIZED AND THE ELECTRON DENSITIES OF FMN WERE CONCLUSIVE. (4). SODIUM (NA) AND ACETATE (ACT) IONS, AND PEG 400 FRAGMENTS (PEG) FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS WERE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.151 3233 5.1 %RANDOM
Rwork0.119 ---
obs0.121 63977 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.998 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→29.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2791 0 99 373 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5311.9774299
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.46235076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4035393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.81823.379145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.28615486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.551529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3431894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4623762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.19453082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.34181241
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.593111217
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.14735227
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.4023379
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.72635141
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2381 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.260.5
BMEDIUM THERMAL0.992
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 217 -
Rwork0.191 4006 -
all-4223 -
obs--88.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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