PDB-3e3a: The Structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3a

タイトル

The Structure of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis

要素

POSSIBLE PEROXIDASE BPOC

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha/beta hydrolase / Peroxidase

機能・相同性

機能・相同性情報

bromide peroxidase activity / glycerolipid catabolic process / triacylglycerol lipase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Johnston, J.M. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structural and functional analysis of Rv0554 from Mycobacterium tuberculosis: testing a putative role in menaquinone biosynthesis.
著者: Johnston, J.M. / Jiang, M. / Guo, Z. / Baker, E.N.

履歴

登録	2008年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e3a.cif.gz	121.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e3a.ent.gz	94.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e3a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e3a_validation.pdf.gz	466 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e3a_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	3e3a_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	3e3a_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hssC 3hysC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3pl2-1 5g1f-d 3r40-d 5flg-d 5tnl-1 7l0a-d 4dmc-1 3ail-4 4h3d-2 2ger-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Rv0554

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: POSSIBLE PEROXIDASE BPOC

B: POSSIBLE PEROXIDASE BPOC

ヘテロ分子

64.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.704, 97.890, 146.165
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 260 / Label seq-ID: 32 - 291

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	POSSIBLE PEROXIDASE BPOC / NON-HAEM PEROXIDASE / putative Bromoperoxidase 分子量: 32254.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37 Rv / 遺伝子: bpoC, MT0580, Rv0554 / プラスミド: pProEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O06420, UniProt: P9WNH1*PLUS, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化	温度: 292 K / pH: 4.92 詳細: 0.1M Sodium acetate pH 4.92, 7.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.97907
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 29742 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / R_merge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_RTP

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	refmac_5.4.0078	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→36.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / SU B: 18.869 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.256 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.238	2703	10 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.179	26997	91 %	-
all	-	29684	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→36.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4211	0	16	215	4442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.96	5893
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.049	5	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.127	23.2	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.73	15	645
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.79	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.731	1.5	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.337	2	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.443	3	1582
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.785	4.5	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1982 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
loose positional	0.31	5
loose thermal	2.43	10

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.346	156	-
R_work	0.275	1378	-
obs	-	-	77.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.6742	3.9286	2.8323	1.8879	0.5837	5.4229	0.46	0.1304	0.3491	0.2169	-0.3874	0.0036	0.1934	0.3724	-0.0727	0.9917	-0.0158	0.0317	0.2869	-0.0344	0.005	27.128	11.925	-0.758
2	0.8506	0.012	0.0528	1.7503	-0.1753	1.9846	-0.0038	-0.0365	0.0323	0.3537	0.0005	0.1134	0.057	0.0239	0.0033	0.7435	-0.0381	0.0078	0.2276	0.0095	0.0395	20.664	1.002	-8.032
3	0.5549	-0.1599	0.1195	1.1766	0.9271	2.3461	0.1534	0.0335	-0.1084	-0.0289	-0.022	-0.1055	0.0184	0.1663	-0.1315	0.7219	0.0168	0.0031	0.216	-0.0141	0.0467	27.452	3.151	-26.636
4	1.8933	-0.6812	0.1415	2.4806	0.0669	3.0408	0.1121	0.0253	-0.1603	0.1145	-0.0095	0.1957	0.4959	-0.2463	-0.1026	0.7535	-0.0951	0.0238	0.1967	-0.0027	0.0925	15.314	-9.626	-13.395
5	0.1845	-0.2528	-0.8576	2.2557	0.5697	4.1792	0.0943	0.1121	-0.0459	0.0601	-0.1409	0.3526	-0.3112	-0.2645	0.0467	0.7408	0.014	-0.0025	0.2836	-0.0117	0.1319	6.104	33.723	-15.877
6	0.4815	0.4348	-0.286	1.7712	-0.2746	1.6027	0.0778	-0.0499	0.0602	0.3079	-0.0861	0.0702	-0.2472	0.0282	0.0084	0.7542	-0.0119	-0.0043	0.2287	-0.0039	0.0534	15.926	35.02	-19.425
7	0.5758	-0.2403	-1.7539	2.294	1.1958	5.4401	0.0053	0.059	0.0128	0.0944	-0.0895	0.2908	0.0986	-0.4083	0.0841	0.7036	0.0065	-0.0265	0.2192	0.0467	0.0789	11.95	40.158	-38.188
8	1.5495	0.567	-0.2797	3.262	-1.0646	2.8729	0.0549	-0.0519	-0.0426	-0.0089	-0.178	-0.3822	0.0465	0.3689	0.1231	0.6564	-0.032	-0.0266	0.2574	0.0457	0.0732	27.302	31.789	-24.8

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-11 - 9	20 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	10 - 126	41 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	127 - 187	158 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	188 - 262	219 - 293
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	-12 - 26	19 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	27 - 126	58 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	127 - 187	158 - 218
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	188 - 261	219 - 292

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関連情報:EMDBヘッダ

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