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万見
- PDB-3e2d: The 1.4 A crystal structure of the large and cold-active Vibrio s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e2d
タイトルThe 1.4 A crystal structure of the large and cold-active Vibrio sp. alkaline phosphatase
要素Alkaline phosphatase
キーワードHYDROLASE / cold-adaptation / metalloenzyme / dimer / psychrophilic bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alkaline phosphatase, crown domain, central beta-sheet / Rhinovirus 14, subunit 4 - #140 / Alkaline phosphatase, crown domain / Alkaline phosphatase, crown domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues ...Alkaline phosphatase, crown domain, central beta-sheet / Rhinovirus 14, subunit 4 - #140 / Alkaline phosphatase, crown domain / Alkaline phosphatase, crown domain / Rhinovirus 14, subunit 4 / Alkaline phosphatase, active site / Alkaline phosphatase active site. / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase / Alkaline phosphatase homologues / Rhinovirus 14, subunit 4 / Alkaline Phosphatase, subunit A / Alkaline Phosphatase, subunit A / Other non-globular / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Special / Few Secondary Structures / Irregular / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alkaline phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio sp. G15-21 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Helland, R. / Larsen, R.L. / Asgeirsson, B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: The 1.4 A crystal structure of the large and cold-active Vibrio sp. alkaline phosphatase.
著者: Helland, R. / Larsen, R.L. / Asgeirsson, B.
履歴
登録2008年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkaline phosphatase
B: Alkaline phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,40522
ポリマ－110,8522
非ポリマー1,55320
水15,259847
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.240, 165.980, 57.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alkaline phosphatase


分子量: 55425.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio sp. G15-21 (バクテリア) / プラスミド: pBluescript KS II (+), pUC18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q93P54, alkaline phosphatase

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非ポリマー , 5種, 867分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 847 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE DEPOSITORS STATE THAT UNIPROT IS INCORRECT AT THIS POSITION AND THAT THE SEQUENCE IN THE ...THE DEPOSITORS STATE THAT UNIPROT IS INCORRECT AT THIS POSITION AND THAT THE SEQUENCE IN THE DATABASE WILL BE UPDATED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 0.2M Li2SO4, 0.1M Tris, 23% PEG 3350, 3% v/v ethylene glycol, pH 7.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→19.71 Å / Num. obs: 205938 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 8.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.027 / Rsym value: 0.027 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Rsym value: 0.074 / % possible all: 68.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0069精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 0.588 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.052 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: RESIDUES ALA B 419 AND GLN B 420 LOCATED IN REGION WITH POORLY DEFINED ELECTRON DENSITY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16648 10309 5 %RANDOM
Rwork0.15539 ---
all0.15595 ---
obs0.15595 195629 92.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8069 0 73 847 8989
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0228311
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1771.95911285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.10451065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.32525.718397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.037151442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.371529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216417
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4861.55170
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9228323
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73333141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8334.52962
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.168 520 -
Rwork0.141 9696 -
obs--62.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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