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- PDB-3e0g: Structure of the Leukemia Inhibitory Factor Receptor (LIF-R) doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e0g
タイトルStructure of the Leukemia Inhibitory Factor Receptor (LIF-R) domains D1-D5
要素Leukemia inhibitory factor receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN/CYTOKINE / Ig domain / Cytokine Binding Homology Region (CHR) / Cell membrane / Disease mutation / Glycoprotein / Membrane / Receptor / Secreted / Transmembrane / SIGNALING PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / growth factor binding / cytokine binding ...leukemia inhibitory factor receptor activity / oncostatin-M-mediated signaling pathway / leukemia inhibitory factor signaling pathway / RUNX1 regulates transcription of genes involved in interleukin signaling / ciliary neurotrophic factor receptor binding / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / cytokine receptor activity / growth factor binding / cytokine binding / response to cytokine / cytokine-mediated signaling pathway / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / : / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type III domain ...Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / : / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lupardus, P.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Structural organization of a full-length gp130/LIF-R cytokine receptor transmembrane complex.
著者: Skiniotis, G. / Lupardus, P.J. / Martick, M. / Walz, T. / Garcia, K.C.
履歴
登録2008年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine
Item: _refine.pdbx_starting_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukemia inhibitory factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0675
ポリマ－54,9151
非ポリマー2,1524
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.008, 143.169, 80.362
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Leukemia inhibitory factor receptor / LIF receptor / LIF-R


分子量: 54914.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 52 to 534 / 変異: N19Q/N40Q/N95Q/N143Q/N195Q / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Gp67 signal sequence at N-terminus and 6xHis tag at C-terminus
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIFR / プラスミド: pACGP67
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): HiFive / 参照: UniProt: P42702
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.17 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M Sodium Citrate pH 5.0, 0.1 M Lithium Sulfate, 8% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. obs: 16991 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 74.762 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2480 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 60.725 / SU ML: 0.476 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.489 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30862 872 5.1 %RANDOM
Rwork0.25184 ---
obs0.25476 16071 97.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.338 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.72 Å20 Å26.84 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3844 0 143 0 3987
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224099
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3631.9785599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9755477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.90424.719178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.91115675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2660
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.290.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.22839
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3350.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2610.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2081.52440
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89923925
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.20231866
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9184.51674
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.398 65 -
Rwork0.342 1173 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.74731.38440.52548.9133-0.43312.89340.3255-0.1567-0.67480.0688-0.3003-0.01420.33050.2303-0.0252-0.1079-0.0789-0.0602-0.01330.1565-0.089710.8589-64.009454.1635
21.50421.207-2.36241.9093-2.91586.16360.05770.2347-0.01160.01530.03980.1204-0.146-0.4382-0.0975-0.1023-0.0104-0.13620.10530.0198-0.089220.8145-38.34434.0438
32.0132-0.2095-1.37185.10161.71163.03060.06090.19080.2278-0.1170.1041-0.29440.1298-0.2695-0.165-0.070.0436-0.08940.04130.0237-0.177139.083-27.62128.9297
42.0165-3.0761-0.21614.94650.3010.02640.0919-0.12020.2523-0.4982-0.1235-0.6191-0.0018-0.06240.03170.0170.1153-0.0092-0.0241-0.06960.01629.04077.409620.337
52.63841.0547-1.46872.2916-1.70511.48590.0781-0.18460.2871-0.7281-0.4168-0.4-0.07180.35240.33880.25350.04340.0973-0.1902-0.12950.30735.749241.394713.9559
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA7 - 827 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 20283 - 202
3X-RAY DIFFRACTION3AA203 - 282203 - 282
4X-RAY DIFFRACTION4AA283 - 379283 - 379
5X-RAY DIFFRACTION5AA - B380 - 486380

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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