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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dvx | ||||||
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タイトル | Crystal structure of reduced DsbA3 from Neisseria meningitidis | ||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / thiol-oxidoreductase / neisseria / DsbA / disulfide bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lafaye, C. / Serre, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural study of the homologues of the thiol-disulfide oxidoreductase DsbA in Neisseria meningitidis. 著者: Lafaye, C. / Iwema, T. / Carpentier, P. / Jullian-Binard, C. / Kroll, J.S. / Collet, J.F. / Serre, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Preliminary crystallographic data of the three homologues of the thiol-disulfide oxidoreductase DsbA in Neisseria meningitidis. 著者: Lafaye, C. / Iwema, T. / Ferrer, J.L. / Kroll, J.S. / Griat, M. / Serre, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 459.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22233.057 Da / 分子数: 2 / 断片: Mature form: UNP residues 20-214 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / Serogroup B / 遺伝子: dsbA-3, NMB0407 / プラスミド: pLIM01 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 % |
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結晶化 | 詳細: 2.2 M Ammonium sulfate, 0.25 M Sodium malonate, 0.1 M MES pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 詳細: TOROIDAL MIRROR |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND(111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→20 Å / Num. obs: 12602 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 61 Å2 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3DVW 解像度: 2.8→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 16.744 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.545 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.79 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
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