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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dvw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of reduced DsbA1 from Neisseria meningitidis | ||||||
![]() | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / thiol-oxidoreductase / neisseria / DsbA / disulfide bond | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lafaye, C. / Serre, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and structural study of the homologues of the thiol-disulfide oxidoreductase DsbA in Neisseria meningitidis. 著者: Lafaye, C. / Iwema, T. / Carpentier, P. / Jullian-Binard, C. / Kroll, J.S. / Collet, J.F. / Serre, L. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008 タイトル: Preliminary crystallographic data of the three homologues of the thiol-disulfide oxidoreductase DsbA in Neisseria meningitidis. 著者: Lafaye, C. / Iwema, T. / Ferrer, J.L. / Kroll, J.S. / Griat, M. / Serre, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21510.436 Da / 分子数: 1 / 断片: Truncated mature form: UNP residues 41-232 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / Serogroup B / 遺伝子: dsbA-1, NMB0278 / プラスミド: pLIM01 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bicine pH 9.0 or 1.6 M Trisodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD 詳細: Mirrors, horizontal focusing by sagitally curved 2nd crystal |
放射 | モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→46 Å / Num. obs: 26907 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 17.4 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.241 / % possible all: 97.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.808 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→20.54 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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