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万見
- PDB-3dvo: SgrAI with cognate DNA and calcium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dvo
タイトルSgrAI with cognate DNA and calcium bound
要素
  • DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
  • SgraIR restriction enzyme
キーワードHYDROLASE/DNA / restriction enzyme-DNA complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Restriction Endonuclease - #10 / Restriction endonuclease, type II, Cfr10I/Bse634I / Cfr10I/Bse634I restriction endonuclease / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / SgraIR restriction enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.892 Å
データ登録者Dunten, P.W. / Horton, N.C. / Little, E.J.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: The structure of SgrAI bound to DNA; recognition of an 8 base pair target.
著者: Dunten, P.W. / Little, E.J. / Gregory, M.T. / Manohar, V.M. / Dalton, M. / Hough, D. / Bitinaite, J. / Horton, N.C.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific ..._pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
G: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
H: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
A: SgraIR restriction enzyme
B: SgraIR restriction enzyme
C: SgraIR restriction enzyme
D: SgraIR restriction enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,15916
ポリマ－173,8388
非ポリマー3218
水13,980776
1
E: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
F: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
A: SgraIR restriction enzyme
B: SgraIR restriction enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0798
ポリマ－86,9194
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10620 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area29700 Å2
手法PISA
2
G: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
H: DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')
C: SgraIR restriction enzyme
D: SgraIR restriction enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0798
ポリマ－86,9194
非ポリマー1604
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10470 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area29760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.136, 119.248, 123.799
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*DGP*DAP*DGP*DTP*DCP*DCP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DGP*DGP*DAP*DCP*DTP*DC)-3')


分子量: 5517.567 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: includes the SgrAI recognition sequence / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
SgraIR restriction enzyme


分子量: 37941.906 Da / 分子数: 4 / Mutation: N63D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: coexpressed with MspI methyltransferase from pBAKMspIM
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
遺伝子: sgraIR / プラスミド: pET21a_SgrAIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9F6L0, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 776 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG4000, buffer, NaCl, CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG400011
2NaCl11
3CaCl211
4PEG400012
5NaCl12
6CaCl212

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 1.89 Å / Num. obs: 126080 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 6.5

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3dpg

3dpg


解像度: 1.892→41.068 Å / SU ML: 0.36 / 位相誤差: 28.53 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 2166 1.72 %
Rwork0.2202 --
obs0.2211 126065 92.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.445 Å2 / ksol: 0.401 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.892→41.068 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10556 1464 8 776 12804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25517180
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9054660
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0761894
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062018

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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