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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3duz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the postfusion form of baculovirus fusion protein GP64 | ||||||
要素 | Major envelope glycoprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Fusion protein (融合タンパク質) / coiled-coil (コイルドコイル) / fusion peptide (膜融合タンパク質) / trimer / viral (ウイルス性) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Lipoprotein (リポタンパク質) / Membrane (生体膜) / Palmitate (パルミチン酸) / Phosphoprotein / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Virion (ウイルス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 modulation by virus of host process / membrane fusion involved in viral entry into host cell / viral budding from plasma membrane / membrane => GO:0016020 / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å | ||||||
データ登録者 | Kadlec, J. / Loureiro, S. / Abrescia, N.G.A. / Jones, I.M. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: The postfusion structure of baculovirus gp64 supports a unified view of viral fusion machines. 著者: Kadlec, J. / Loureiro, S. / Abrescia, N.G. / Stuart, D.I. / Jones, I.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3duz.cif.gz | 91.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3duz.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3duz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55872.758 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-499 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Autographa californica nuclear polyhedrosis virus (ウイルス) 遺伝子: GP67, P67 / プラスミド: BacPAK6 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P17501 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HG / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.74 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 10% PEG 6000, 100 mM citric acid, 200 mM potassium sodium tartrate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.0039, 0.8856, 1.0714, 1.0711 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月14日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 13594 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): 3.3 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 16.3 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.95→47.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.846 / SU B: 15.969 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.416 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.153 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.95→47.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20
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