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- PDB-3duy: Crystal structure of human beta-secretase in complex with NVP-AFJ144 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3duy
タイトルCrystal structure of human beta-secretase in complex with NVP-AFJ144
要素Beta-secretase 1
キーワードHYDROLASE / Beta-secretase / Bace1 / Memapsin2 / Enzyme inhibitor complex / Alzheimer's disease / Alternative splicing / Aspartyl protease / Glycoprotein / Membrane / Protease / Transmembrane / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / prepulse inhibition / cellular response to manganese ion / multivesicular body / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine kinase binding / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / trans-Golgi network / recycling endosome / protein processing / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / endosome membrane / lysosome / endosome / membrane raft / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AFJ / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Rondeau, J.-M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Structure-based design and synthesis of macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors.
著者: Machauer, R. / Veenstra, S. / Rondeau, J.M. / Tintelnot-Blomley, M. / Betschart, C. / Neumann, U. / Paganetti, P.
履歴
登録2008年7月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
B: Beta-secretase 1
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,7956
ポリマ－134,3323
非ポリマー1,4633
水13,511750
1
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2652
ポリマ－44,7771
非ポリマー4881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2652
ポリマ－44,7771
非ポリマー4881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2652
ポリマ－44,7771
非ポリマー4881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.537, 103.062, 100.602
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.640, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane- ...Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Membrane-associated aspartic protease 2 / Memapsin-2 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / ASP2


分子量: 44777.336 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic domain: Residues 48-447 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Refolded / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2
#2: 化合物 ChemComp-AFJ / (2R,4S,5S)-N-butyl-4-hydroxy-2,7-dimethyl-5-{[N-(4-methylpentanoyl)-L-methionyl]amino}octanamide / (2R,4S,5S)-4-Hydroxy-2,7-dimethyl-5-[(S)-2-(4-methyl-pentanoylamino)-4-methylsulfanyl-butyrylamino]-octanoic acid butylamide


分子量: 487.739 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49N3O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.26 %
結晶化詳細: 1.0M Ammonium sulfate in water, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K. Protein stock was BACE MUT46B batch XII 8.5 mg/mL in 10mM Tris-HCl pH 7.4, 25mM NaCl, with a 5-fold ...詳細: 1.0M Ammonium sulfate in water, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K. Protein stock was BACE MUT46B batch XII 8.5 mg/mL in 10mM Tris-HCl pH 7.4, 25mM NaCl, with a 5-fold excess of NVP-AFJ144-NX-2 added from a 50mM stock solution in 90% DMSO-D6 (1.8% DMSO in drop). A solution containing 1.2M Ammonium sulfate, 25% Glycerol, 1mM NVP-AFJ144-NX-2 and 1.8% DMSO was used as cryo-protectant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月18日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→70.93 Å / Num. all: 107931 / Num. obs: 107931 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 33.092 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 22.55
反射 シェル解像度: 1.97→2.03 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 6065 / Num. unique obs: 6065 / % possible all: 61.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
CNX位相決定
CNX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FKN

1fkn


解像度: 1.97→70.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 2572663 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 10413 9.6 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.204 107931 --
obs0.204 107931 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.724 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 76.76 Å2 / Biso mean: 35.063 Å2 / Biso min: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.27 Å20 Å2-0.09 Å2
2--2.16 Å20 Å2
3----0.89 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.26 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.25 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→70.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8777 0 99 750 9626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.62
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.471.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it22
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.022.5
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.09 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 931 7.1 %
Rwork0.274 12162 -
all-13093 -
obs-13093 68.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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