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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3duf | ||||||
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タイトル | Snapshots of catalysis in the E1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex | ||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / PYRUVATE / DEHYDROGENASE / DIHYDROLIPOYL / ACETYL TRANSFERASE / MULTIENZYME COMPLEX / TRANSFERASE / Glycolysis / Phosphoprotein / Thiamine pyrophosphate / Acyltransferase / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / branched-chain amino acid catabolic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus stearothermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Pei, X.Y. / Titman, C.M. / Frank, R.A.W. / Leeper, F.J. / Luisi, B.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2008 タイトル: Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multienzyme complex 著者: Pei, X.Y. / Titman, C.M. / Frank, R.A. / Leeper, F.J. / Luisi, B.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3duf.cif.gz | 570.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3duf.ent.gz | 454.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3duf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3duf_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3duf_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3duf_validation.xml.gz | 103.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3duf_validation.cif.gz | 140.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/3duf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 6
NCSアンサンブル:
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-要素
-Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 41518.176 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pdhA / プラスミド: pKBstE1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO 参照: UniProt: P21873, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) #2: タンパク質 | 分子量: 35495.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pdhB / プラスミド: pKBstE1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO 参照: UniProt: P21874, pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 IJ
#3: タンパク質 | 分子量: 46392.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus stearothermophilus (バクテリア) 遺伝子: pdhC / プラスミド: pKBstE1a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 recO 参照: UniProt: P11961, dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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-非ポリマー , 4種, 418分子
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | ChemComp-R1T / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.72 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: The protein solution was then mixed in 1:1 volume ratio of crystallization buffer consisting of 8-12 % mono-methyl ether polyethylene glycol (MME PEG) 5000, 0.1 M Na maleate pH 5.5, and the ...詳細: The protein solution was then mixed in 1:1 volume ratio of crystallization buffer consisting of 8-12 % mono-methyl ether polyethylene glycol (MME PEG) 5000, 0.1 M Na maleate pH 5.5, and the droplet was left to equilibrate against a reservoir of neat crystallization buffer., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月11日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→66 Å / Num. all: 99540 / Num. obs: 99351 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2.6 / Observed criterion σ(I): 2.6 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 3.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1W85 解像度: 2.5→59.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.087 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 42.879 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→59.44 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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