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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dtd
タイトルCrystal structure of invasion associated protein b from bartonella henselae
要素Invasion-associated protein B
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / INVASION ASSOCIATED PROTEIN / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Invasion associated locus B (IalB) protein / Invasion protein B / Invasion protein B superfamily / Invasion associated locus B (IalB) protein / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Invasion-associated protein B / Invasion-associated protein B
機能・相同性情報
生物種Bartonella henselae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Slocombe, A. / Groshong, C. / Koss, J. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. ...Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Slocombe, A. / Groshong, C. / Koss, J. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Invasion Associated Protein B from Bartonella Henselae.
著者: Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Freeman, J. / Slocombe, A. / Groshong, C. / Koss, J. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Invasion-associated protein B
B: Invasion-associated protein B
C: Invasion-associated protein B
D: Invasion-associated protein B
E: Invasion-associated protein B
F: Invasion-associated protein B
G: Invasion-associated protein B
H: Invasion-associated protein B
I: Invasion-associated protein B
J: Invasion-associated protein B
K: Invasion-associated protein B
L: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,75830
ポリマ-226,10112
非ポリマー1,65818
7,494416
1
F: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子

C: Invasion-associated protein B
D: Invasion-associated protein B
E: Invasion-associated protein B
G: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子

A: Invasion-associated protein B
B: Invasion-associated protein B
H: Invasion-associated protein B
I: Invasion-associated protein B
J: Invasion-associated protein B
K: Invasion-associated protein B
L: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,75830
ポリマ-226,10112
非ポリマー1,65818
21612
タイプ名称対称操作
crystal symmetry operation4_445x-1/2,-y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_355-x-3/2,-y,z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21310 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area83290 Å2
手法PISA
2
F: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子

G: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8684
ポリマ-37,6832
非ポリマー1842
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_444-x-1,y-1/2,-z-1/21
Buried area1670 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15360 Å2
手法PISA
3
K: Invasion-associated protein B
L: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9605
ポリマ-37,6832
非ポリマー2763
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
4
H: Invasion-associated protein B
I: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1447
ポリマ-37,6832
非ポリマー4605
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15530 Å2
手法PISA
5
D: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子

A: Invasion-associated protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7763
ポリマ-37,6832
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_354-x-3/2,-y,z-1/21
Buried area1380 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15430 Å2
手法PISA
6
C: Invasion-associated protein B
E: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0526
ポリマ-37,6832
非ポリマー3684
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
7
B: Invasion-associated protein B
J: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9605
ポリマ-37,6832
非ポリマー2763
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15670 Å2
手法PISA
8
A: Invasion-associated protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8421
ポリマ-18,8421
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
9
B: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0263
ポリマ-18,8421
非ポリマー1842
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
10
C: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2105
ポリマ-18,8421
非ポリマー3684
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
11
D: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9342
ポリマ-18,8421
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
12
E: Invasion-associated protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8421
ポリマ-18,8421
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
13
F: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9342
ポリマ-18,8421
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
14
G: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9342
ポリマ-18,8421
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
15
H: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0263
ポリマ-18,8421
非ポリマー1842
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
16
I: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1184
ポリマ-18,8421
非ポリマー2763
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
17
J: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9342
ポリマ-18,8421
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
18
K: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9342
ポリマ-18,8421
非ポリマー921
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
19
L: Invasion-associated protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0263
ポリマ-18,8421
非ポリマー1842
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.707, 139.951, 179.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
12A
22B
32C
42D
52E
62F
72G
82H
92I
102J
112K
122L
13A
23B
33C
43D
53E
63F
73G
83H
93I
103J
113K
123L
14A
24B
34C
44D
54E
64F
74G
84H
94I
104J
114K
124L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERCYSCYSAA42 - 5424 - 36
21SERSERCYSCYSBB42 - 5424 - 36
31SERSERCYSCYSCC42 - 5424 - 36
41SERSERCYSCYSDD42 - 5424 - 36
51SERSERCYSCYSEE42 - 5424 - 36
61SERSERCYSCYSFF42 - 5424 - 36
71SERSERCYSCYSGG42 - 5424 - 36
81SERSERCYSCYSHH42 - 5424 - 36
91SERSERCYSCYSII42 - 5424 - 36
101SERSERCYSCYSJJ42 - 5424 - 36
111SERSERCYSCYSKK42 - 5424 - 36
121SERSERCYSCYSLL42 - 5424 - 36
12CYSCYSVALVALAA63 - 8345 - 65
22CYSCYSVALVALBB63 - 8345 - 65
32CYSCYSVALVALCC63 - 8345 - 65
42CYSCYSVALVALDD63 - 8345 - 65
52CYSCYSVALVALEE63 - 8345 - 65
62CYSCYSVALVALFF63 - 8345 - 65
72CYSCYSVALVALGG63 - 8345 - 65
82CYSCYSVALVALHH63 - 8345 - 65
92CYSCYSVALVALII63 - 8345 - 65
102CYSCYSVALVALJJ63 - 8345 - 65
112CYSCYSVALVALKK63 - 8345 - 65
122CYSCYSVALVALLL63 - 8345 - 65
13SERSERVALVALAA91 - 11073 - 92
23SERSERVALVALBB91 - 11073 - 92
33SERSERVALVALCC91 - 11073 - 92
43SERSERVALVALDD91 - 11073 - 92
53SERSERVALVALEE91 - 11073 - 92
63SERSERVALVALFF91 - 11073 - 92
73SERSERVALVALGG91 - 11073 - 92
83SERSERVALVALHH91 - 11073 - 92
93SERSERVALVALII91 - 11073 - 92
103SERSERVALVALJJ91 - 11073 - 92
113SERSERVALVALKK91 - 11073 - 92
123SERSERVALVALLL91 - 11073 - 92
14VALVALGLUGLUAA116 - 18698 - 168
24VALVALGLUGLUBB116 - 18698 - 168
34VALVALGLUGLUCC116 - 18698 - 168
44VALVALGLUGLUDD116 - 18698 - 168
54VALVALGLUGLUEE116 - 18698 - 168
64VALVALGLUGLUFF116 - 18698 - 168
74VALVALGLUGLUGG116 - 18698 - 168
84VALVALGLUGLUHH116 - 18698 - 168
94VALVALGLUGLUII116 - 18698 - 168
104VALVALGLUGLUJJ116 - 18698 - 168
114VALVALGLUGLUKK116 - 18698 - 168
124VALVALGLUGLULL116 - 18698 - 168

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
詳細authors states that the biological unit is likely monomer, PISA, however, suggests a possible dodecamer, listed in REMARK350

-
要素

#1: タンパク質
Invasion-associated protein B


分子量: 18841.729 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bartonella henselae (バクテリア)
遺伝子: invB, BH01650 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6G4Y3, UniProt: A0A0H3LVG3*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200mM Trimethylamine N-oxide, 100MM TRIS-HCL, PH 8, 20% PEG MME 2000, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 8.00

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月30日
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 100682 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 52.606 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 4
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXCD位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
RESOLVEモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 8.208 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26524 3000 3 %RANDOM
Rwork0.23501 ---
obs0.23591 96697 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13106 0 108 416 13630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02213582
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2491.97418441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.14851758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.924.695541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.548152346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9641583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.22202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029941
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1310.34994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.58845
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.51083
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.3101
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1080.510
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.66228931
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.345314047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.87935129
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.71354375
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A103medium positional0.040.1
12B103medium positional0.040.1
13C103medium positional0.030.1
14D103medium positional0.040.1
15E103medium positional0.040.1
16F103medium positional0.030.1
17G103medium positional0.050.1
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111K103medium positional0.040.1
112L103medium positional0.030.1
21A151medium positional0.110.1
22B151medium positional0.040.1
23C151medium positional0.050.1
24D151medium positional0.050.1
25E151medium positional0.050.1
26F151medium positional0.050.1
27G151medium positional0.120.1
28H151medium positional0.040.1
29I151medium positional0.050.1
210J151medium positional0.040.1
211K151medium positional0.040.1
212L151medium positional0.040.1
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32B138medium positional0.040.1
33C138medium positional0.040.1
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35E138medium positional0.030.1
36F138medium positional0.040.1
37G138medium positional0.040.1
38H138medium positional0.030.1
39I138medium positional0.030.1
310J138medium positional0.040.1
311K138medium positional0.030.1
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412L510medium positional0.030.1
11A103medium thermal0.291.5
12B103medium thermal0.281.5
13C103medium thermal0.371.5
14D103medium thermal0.281.5
15E103medium thermal0.261.5
16F103medium thermal0.261.5
17G103medium thermal0.281.5
18H103medium thermal0.291.5
19I103medium thermal0.291.5
110J103medium thermal0.291.5
111K103medium thermal0.31.5
112L103medium thermal0.261.5
21A151medium thermal0.241.5
22B151medium thermal0.361.5
23C151medium thermal0.321.5
24D151medium thermal0.321.5
25E151medium thermal0.251.5
26F151medium thermal0.281.5
27G151medium thermal0.261.5
28H151medium thermal0.271.5
29I151medium thermal0.251.5
210J151medium thermal0.261.5
211K151medium thermal0.311.5
212L151medium thermal0.331.5
31A138medium thermal0.261.5
32B138medium thermal0.221.5
33C138medium thermal0.261.5
34D138medium thermal0.251.5
35E138medium thermal0.251.5
36F138medium thermal0.251.5
37G138medium thermal0.221.5
38H138medium thermal0.221.5
39I138medium thermal0.231.5
310J138medium thermal0.271.5
311K138medium thermal0.231.5
312L138medium thermal0.251.5
41A510medium thermal0.261.5
42B510medium thermal0.271.5
43C510medium thermal0.31.5
44D510medium thermal0.221.5
45E510medium thermal0.211.5
46F510medium thermal0.261.5
47G510medium thermal0.221.5
48H510medium thermal0.231.5
49I510medium thermal0.251.5
410J510medium thermal0.261.5
411K510medium thermal0.261.5
412L510medium thermal0.261.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.389 187 -
Rwork0.341 6584 -
obs--93.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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