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万見
- PDB-3dtc: Crystal structure of mixed-lineage kinase MLK1 complexed with com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dtc
タイトルCrystal structure of mixed-lineage kinase MLK1 complexed with compound 16
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9
キーワードTRANSFERASE / mixed-lineage kinase / MLK family / MLK1 and MLK3 Subtype Selective inhibitors / Alternative splicing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Serine/threonine-protein kinase / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase activity / molecular function activator activity / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process ...mitogen-activated protein kinase kinase kinase / JUN kinase kinase kinase activity / MAP kinase kinase activity / molecular function activator activity / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MLK1-3, SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase, MLK1-4 / Variant SH3 domain / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...MLK1-3, SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase, MLK1-4 / Variant SH3 domain / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VIN / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Meyer, S.L. / Hudkins, R.L. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Mixed-lineage kinase 1 and mixed-lineage kinase 3 subtype-selective dihydronaphthyl[3,4-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5-ones: optimization, mixed-lineage kinase 1 crystallography, and oral ...タイトル: Mixed-lineage kinase 1 and mixed-lineage kinase 3 subtype-selective dihydronaphthyl[3,4-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5-ones: optimization, mixed-lineage kinase 1 crystallography, and oral in vivo activity in 1-methyl-4-phenyltetrahydropyridine models.
著者: Hudkins, R.L. / Diebold, J.L. / Tao, M. / Josef, K.A. / Park, C.H. / Angeles, T.S. / Aimone, L.D. / Husten, J. / Ator, M.A. / Meyer, S.L. / Holskin, B.P. / Durkin, J.T. / Fedorov, A.A. / ...著者: Hudkins, R.L. / Diebold, J.L. / Tao, M. / Josef, K.A. / Park, C.H. / Angeles, T.S. / Aimone, L.D. / Husten, J. / Ator, M.A. / Meyer, S.L. / Holskin, B.P. / Durkin, J.T. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Mathiasen, J.R. / Bozyczko-Coyne, D. / Saporito, M.S. / Scott, R.W. / Mallamo, J.P.
履歴
登録2008年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7733
ポリマ－30,2521
非ポリマー5212
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.930, 126.304, 41.359
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 9 / Mixed lineage kinase 1


分子量: 30252.096 Da / 分子数: 1 / 変異: T312A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP3K9, MLK1, PRKE1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P80192, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-VIN / 12-(2-hydroxyethyl)-2-(1-methylethoxy)-13,14-dihydronaphtho[2,1-a]pyrrolo[3,4-c]carbazol-5(12H)-one


分子量: 424.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H24N2O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG20000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 9475 / Num. obs: 9475 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
EPMR位相決定
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 683 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.221 9356 --
obs0.221 9356 96.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1912 0 37 43 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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