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万見
- PDB-3dr5: Crystal structure of the Q8NRD3_CORGL protein from Corynebacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dr5
タイトルCrystal structure of the Q8NRD3_CORGL protein from Corynebacterium glutamicum. Northeast Structural Genomics Consortium target CgR117.
要素Putative O-Methyltransferase
キーワードstructural genomics / unknown function / Q8NRD3 / Cgl1119 / PF01596 / O-METHYLTRANSFERASE / CgR117 / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / Methyltransferase / Transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


O-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. ...Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Q8NRD3_CORGL protein from Corynebacterium glutamicum.
著者: Vorobiev, S.M. / Su, M. / Seetharaman, J. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Mao, L. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2008年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative O-Methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0051
ポリマ－24,0051
非ポリマー00
水3,063170
1
A: Putative O-Methyltransferase

A: Putative O-Methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0112
ポリマ－48,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_566x,x-y+1,-z+7/61
Buried area4090 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.511, 50.511, 303.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

詳細Authors state that the biological unit is Dimer according to aggregation screening. The second symmetry mate is generated by x,x-y+1,-z+7/6.

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要素

#1: タンパク質 Putative O-Methyltransferase / PROBABLE O-METHYLTRANSFERASE


分子量: 24005.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
株: ATCC 13032/DSM 20300/JCM 1318/ LMG 3730/NCIMB 10025 / 遺伝子: Cgl1119, cg1270 / プラスミド: pET21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) +Magic / 参照: UniProt: Q8NRD3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.15
詳細: 10% PEG 4000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M MES, pH6.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 19601 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 19.4 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 8205 / % possible all: 69.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELXDE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.25→43.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 281023.95 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 942 5.4 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 17601 85.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 78.8008 Å2 / ksol: 0.335338 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.26 Å24.43 Å20 Å2
2--7.26 Å20 Å2
3----14.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.16 Å0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→43.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 0 170 1781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.97
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 100 4.7 %
Rwork0.241 2025 -
obs--61.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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