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万見
- PDB-3doh: Crystal Structure of a Thermostable Esterase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3doh
タイトルCrystal Structure of a Thermostable Esterase
要素esterase
キーワードHYDROLASE / alpha-beta Hydrolase / beta sheet
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #2180 / Esterase, Ig-like N-terminal / Esterase Ig-like N-terminal domain / : / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like / Sandwich ...Immunoglobulin-like - #2180 / Esterase, Ig-like N-terminal / Esterase Ig-like N-terminal domain / : / Phospholipase/carboxylesterase/thioesterase / Phospholipase/Carboxylesterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Levisson, M. / Sun, L. / Hendriks, S. / Dijkstra, B.W. / Van der Oost, J. / Kengen, S.W.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal structure and biochemical properties of a novel thermostable esterase containing an immunoglobulin-like domain.
著者: Levisson, M. / Sun, L. / Hendriks, S. / Swinkels, P. / Akveld, T. / Bultema, J.B. / Barendregt, A. / van den Heuvel, R.H.H. / Dijkstra, B.W. / van der Oost, J. / Kengen, S.W.M.
履歴
登録2008年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: esterase
B: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,09612
ポリマ－86,1362
非ポリマー96110
水2,810156
1
A: esterase
B: esterase
ヘテロ分子

A: esterase
B: esterase
ヘテロ分子

A: esterase
B: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,28836
ポリマ－258,4076
非ポリマー2,88230
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
2
A: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6447
ポリマ－43,0681
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4525
ポリマ－43,0681
非ポリマー3844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.157, 130.157, 306.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 esterase


分子量: 43067.750 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 16-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: TM_0033 / プラスミド: pET-24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9WXP0, carboxylesterase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG 8000, 1M lithium sulphate monohydrate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0000, 0.9791, 0.9793, 0.9757
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97911
30.97931
40.97571
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 31079 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 11.516 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.693 / ESU R Free: 0.335 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26772 1506 5 %RANDOM
Rwork0.19655 ---
obs0.2002 28373 96.37 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5982 0 50 156 6188
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0226185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8871.9648427
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3045745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95324.476286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.566151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9161529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024719
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.23016
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.24127
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9311.53841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.63926111
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00732706
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2424.52316
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 98 -
Rwork0.312 2092 -
obs--98.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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