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万見
- PDB-3do8: The crystal structure of the protein with unknown function from A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3do8
タイトルThe crystal structure of the protein with unknown function from Archaeoglobus fulgidus
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Protein with unknown function / Archaeoglobus fulgidus / Structural genomics / MCSG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Coenzyme A biosynthesis / Cytoplasm / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase, archaea / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, R. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published / 年: 2008
タイトル: The crystal structure of the protein with unknown function from Archaeoglobus fulgidus
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8262
ポリマ－33,8262
非ポリマー00
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area12820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.001, 63.781, 47.047
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細This protein existed as dimer. The deposited Mol.A and Mol.B represent the dimer in the assymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT / Dephospho-CoA pyrophosphorylase


分子量: 16912.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM 4304 / 遺伝子: coaD, AF_2206 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O28077, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, pH7.5, 30%PEG MME, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→47.89 Å / Num. all: 35569 / Num. obs: 34228 / % possible obs: 96.23 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 25.78
反射 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 2757 / % possible all: 86.87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→47.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 3.255 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.092
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21372 1789 5 %RANDOM
Rwork0.16678 ---
obs0.16909 34228 96.23 %-
all-35569 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.12 Å20 Å2-0.51 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2092 0 0 216 2308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021557
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5741.9832851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98833776
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3215257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.01722.13589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.42315430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.041523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2321
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2340.2466
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.21675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.080.21185
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2730.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1910.221
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9171.51683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8211.5525
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21722088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7673976
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0554.5763
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 114 -
Rwork0.199 2281 -
obs-2395 86.87 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.898 Å / Origin y: 12.035 Å / Origin z: 34.019 Å
111213212223313233
T-0.0145 Å20.0107 Å2-0.0138 Å2--0.0174 Å20.003 Å2---0.0411 Å2
L0.9462 °2-0.2316 °20.0078 °2-0.334 °20.0493 °2--0.064 °2
S-0.0534 Å °-0.0472 Å °-0.0463 Å °0.0223 Å °0.0403 Å °-0.0237 Å °-0.0095 Å °-0.0182 Å °0.0131 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1411 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1BB2 - 1242 - 124

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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