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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dmp | ||||||
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タイトル | 2.6 A crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from Burkholderia pseudomallei | ||||||
要素 | Uracil phosphoribosyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / BURKHOLDERIA / PSEUDOMALLEI / URACIL / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / Glycosyltransferase / Magnesium | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / GTP binding / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: 2.6 A crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from Burkholderia pseudomallei 著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dmp.cif.gz | 172.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dmp.ent.gz | 138.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dmp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dmp_validation.pdf.gz | 451.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dmp_full_validation.pdf.gz | 466.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dmp_validation.xml.gz | 31.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dmp_validation.cif.gz | 43.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dm/3dmp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24197.080 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: 1710B / 遺伝子: upp, BPSL1166 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q63VS8, uracil phosphoribosyltransferase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.75 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 2M NaCl, 5% PEG 4000, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月4日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 39360 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 4.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 60.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.445 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.606 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.33 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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