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- PDB-3dmp: 2.6 A crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dmp | ||||||
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Title | 2.6 A crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from Burkholderia pseudomallei | ||||||
![]() | Uracil phosphoribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / BURKHOLDERIA / PSEUDOMALLEI / URACIL / PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / SSGCID / Glycosyltransferase / Magnesium | ||||||
Function / homology | ![]() uracil salvage / uracil phosphoribosyltransferase / uracil phosphoribosyltransferase activity / UMP salvage / nucleoside metabolic process / GTP binding / magnesium ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() Title: 2.6 A crystal structure of uracil phosphoribosyltransferase from Burkholderia pseudomallei Authors: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 172.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 138.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 24197.080 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q63VS8, uracil phosphoribosyltransferase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion / pH: 8.5 Details: 2M NaCl, 5% PEG 4000, 0.1M TRIS, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Apr 4, 2008 / Details: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double Crystal Monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. obs: 39360 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 4.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Rfactor: 60.03 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 45.41 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→49.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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