PDB-3dj2: Crystallization of the Thermotoga maritima lysine riboswitch boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dj2

タイトル

Crystallization of the Thermotoga maritima lysine riboswitch bound to lysine, Tl+ Soak

要素

RNA (174-MER)

キーワード

RNA / lysine / riboswitch

機能・相同性

ISOPROPYL ALCOHOL / LYSINE / THALLIUM (I) ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Serganov, A.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural insights into amino acid binding and gene control by a lysine riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.

履歴

登録	2008年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dj2.cif.gz	111.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dj2.ent.gz	80.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dj2_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dj2_full_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示
XML形式データ	3dj2_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	3dj2_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3dj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/3dj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3digC 3dilSC 3dimC 3dioC 3diqC 3dirC 3disC 3dixC 3diyC 3dizC 3dj0C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dix-d 3diz-d 3dil-d 3dis-d 3diq-d 3diy-d 3dir-d 3dig-d 3dim-d 3dj0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (2)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
類似性 (3)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (2)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (2)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (2)
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カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (2)
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転移RNA (Transfer RNA)
類似性 (1)
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類似性 (2)
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類似性 (1)
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リボソーム (Ribosome)
類似性 (2)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (2)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
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PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (2)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (2)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (2)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (174-MER)

ヘテロ分子

59.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.086, 78.751, 140.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖	RNA (174-MER) 分子量: 56635.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: In vitro transcribed RNA from the Thermotoga maritima MSB8 asd gene

-
非ポリマー , 5種, 138分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-TL / THALLIUM (I) ION 分子量: 204.383 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Tl
#5: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL 分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.6 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 18% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, 20% isopropanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 4000	1	1
2	Sodium Citrate	1	1
3	isopropanol	1	1
4	PEG 4000	1	2
5	Sodium Citrate	1	2
6	isopropanol	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 21522 / Num. obs: 21350 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 26.8
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2113 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 3DIL

3dil

解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.91 / SU B: 17.146 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25092	1098	5.2 %	RANDOM
R_work	0.20521	-	-	-
all	0.20751	20373	-	-
obs	0.20751	20170	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.42 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.203 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	3752	32	118	3902

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	4212
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.196	2.999	6572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.629	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	871
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.149	0.2	1589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.262	0.2	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	230
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.108	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.122	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.061	1.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.078	2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.498	3	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.8	4.5	6563
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / R_factor R_free error: 0.282 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	89	-
R_work	0.341	1430	-
obs	-	1519	97.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8748	1.3588	0.038	4.1174	-1.1645	2.0234	0.0161	0.2114	-0.171	-0.6072	0.018	-0.1445	0.461	-0.2039	-0.0341	-0.0229	0.0456	-0.0055	-0.0452	-0.0239	-0.0659	29.443	-1.758	18.732
2	1.146	0.1738	0.4809	0.5917	0.4632	1.4457	-0.2105	0.0729	0.5113	-0.0083	-0.0102	0.1118	-0.6279	-0.3402	0.2207	0.0612	0.1059	0.003	0.0078	0.0447	0.1049	7.087	47.205	20.969
3	3.0894	-1.337	1.1069	0.695	-0.735	0.9643	0.1073	0.3509	-0.187	-0.0142	-0.0947	0.2587	-0.0936	-0.0295	-0.0126	-0.1029	0.0315	-0.0249	-0.0099	-0.0157	-0.0298	8.647	27.157	11.052
4	2.4101	-1.8954	0.2498	1.6933	-0.1075	0.6716	0.1284	0.4148	0.4176	-0.126	-0.2288	-0.3463	-0.1127	0.0268	0.1004	-0.1282	0.0151	-0.0045	-0.0262	0.0402	-0.0349	29.73	33.654	15.011
5	9.6632	2.0738	-0.9979	1.3311	0.4672	1.8151	-0.2863	-0.3101	-1.1529	0.2065	-0.0884	-0.4928	0.2735	0.1952	0.3747	-0.0483	0.0596	0.0379	-0.026	0.0657	0.2205	50.289	8.692	15.588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 11	1 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	163 - 174	163 - 174
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	12 - 79	12 - 79
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	80 - 113	80 - 113
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	114 - 140	114 - 140
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	141 - 162	141 - 162

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