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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3diy
タイトルCrystallization of the Thermotoga maritima lysine riboswitch bound to lysine, Mn2+ soak
要素RNA (174-MER)
キーワードRNA / riboswitch / lysine
機能・相同性: / LYSINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Serganov, A.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Structural insights into amino acid binding and gene control by a lysine riboswitch.
著者: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J.
履歴
登録2008年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (174-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,19613
ポリマ－56,7161
非ポリマー48012
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.193, 78.662, 140.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 RNA (174-MER)


分子量: 56715.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcribed RNA from the Thermotoga maritima MSB8 asd gene

-
非ポリマー , 5種, 49分子

#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7
詳細: 18% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, 20% isopropanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2Sodium Citrate11
3isopropanol11
4PEG 400012
5Sodium Citrate12
6isopropanol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.24 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.24 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. all: 16969 / Num. obs: 16392 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 21.8
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.588 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 1658 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 3DIL

3dil


解像度: 2.71→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 24.836 / SU ML: 0.233 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 2.039 / ESU R Free: 0.327 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23671 822 5 %RANDOM
Rwork0.18872 ---
all0.19099 16107 --
obs0.19099 15510 96.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2---1.91 Å20 Å2
3---1.71 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.233 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3756 21 37 3814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0214213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2392.9996572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg8.221154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0510.2870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1550.21455
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2650.22586
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1340.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1470.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1260.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1231.55
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.31227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.66634450
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.0454.56565
LS精密化 シェル解像度: 2.71→2.776 Å / Rfactor Rfree error: 0.327 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.545 69 -
Rwork0.414 1057 -
obs-1126 93.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.80671.4331.40914.921-0.68115.04850.12330.2358-0.1968-0.4825-0.0571-0.2060.7162-0.0995-0.06620.09770.06340.0204-0.0557-0.00290.002329.276-1.92218.527
21.36250.35230.79930.30260.61351.7578-0.4022-0.0440.6841-0.0269-0.01750.0235-0.6996-0.41380.41970.24060.1548-0.03240.016-0.00870.22276.77747.13721.337
33.0855-1.70651.14351.3328-0.83460.69950.08020.1332-0.15140.0269-0.02890.2007-0.0810.0726-0.0513-0.01480.059-0.0008-0.0015-0.01080.02238.40727.17110.831
44.7922-2.23920.89162.7999-0.06861.63730.11510.48440.3956-0.0912-0.2431-0.3034-0.22980.01020.1279-0.02490.0450.0172-0.06110.057-0.021229.65633.76214.846
58.66591.9908-2.4292.17081.04292.5875-0.3029-0.1971-1.08540.2895-0.1811-0.54310.48030.34670.4840.04640.08920.00910.02020.13620.219650.2118.62115.063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 111 - 11
2X-RAY DIFFRACTION1AA163 - 174163 - 174
3X-RAY DIFFRACTION2AA12 - 7912 - 79
4X-RAY DIFFRACTION3AA80 - 11380 - 113
5X-RAY DIFFRACTION4AA114 - 140114 - 140
6X-RAY DIFFRACTION5AA141 - 162141 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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