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- PDB-3dix: Crystallization of the Thermotoga maritima lysine riboswitch boun... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3dix | ||||||
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Title | Crystallization of the Thermotoga maritima lysine riboswitch bound to lysine, K+ anomalous data | ||||||
![]() | RNA (174-MER) | ||||||
![]() | RNA / riboswitch / lysine / potassium cation | ||||||
Function / homology | : / LYSINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Serganov, A.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural insights into amino acid binding and gene control by a lysine riboswitch. Authors: Serganov, A. / Huang, L. / Patel, D.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 107.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 77.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 428 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 430.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 7.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 10.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3digC ![]() 3dilSC ![]() 3dimC ![]() 3dioC ![]() 3diqC ![]() 3dirC ![]() 3disC ![]() 3diyC ![]() 3dizC ![]() 3dj0C ![]() 3dj2C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: RNA chain | Mass: 56635.598 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Details: In vitro transcribed RNA from the Thermotoga maritima MSB8 asd gene | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-K / | ||||
#3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-LYS / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.7 Details: 18% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, 20% isopropanol, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Feb 16, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.84 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.9→20 Å / Num. all: 13870 / Num. obs: 13523 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 12.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.9→3 Å / Redundancy: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1325 / % possible all: 97.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 3DIL Resolution: 2.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 30.791 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: tls / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.332 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.281 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.267 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.9→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.9→2.974 Å / Rfactor Rfree error: 0.332 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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