ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.2.0019精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データ削減 | HKL-2000 | | データスケーリング | REFMAC | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: REFMAC 開始モデル: pdb entry 3DIL 解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 11.885 / SU ML: 0.247 / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.338 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.24134 | 806 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.20182 | - | - | - |
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all | 0.20384 | 16081 | - | - |
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obs | 0.20384 | 15261 | 94.9 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.898 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -1.03 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.63 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 1.66 Å2 |
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.247 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 3752 | 27 | 43 | 3822 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.005 | 0.021 | 4215 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.181 | 2.999 | 6575 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.062 | 0.2 | 870 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.003 | 0.02 | 1843 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbd_refined0.154 | 0.2 | 1589 | X-RAY DIFFRACTION | r_nbtor_refined0.266 | 0.2 | 2559 | X-RAY DIFFRACTION | r_xyhbond_nbd_refined0.13 | 0.2 | 187 | X-RAY DIFFRACTION | r_metal_ion_refined0.038 | 0.2 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_vdw_refined0.131 | 0.2 | 42 | X-RAY DIFFRACTION | r_symmetry_hbond_refined0.15 | 0.2 | 10 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.116 | 1.5 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcangle_it0.261 | 2 | 7 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it0.727 | 3 | 4451 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it1.165 | 4.5 | 6568 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.7→2.769 Å / Rfactor Rfree error: 0.338 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.385 | 54 | - |
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Rwork | 0.367 | 1011 | - |
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obs | - | 1210 | 88.24 % |
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