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- PDB-3de9: Crystal Structure of a Trimeric Cytochrome cb562 Assembly Induced... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3de9
タイトルCrystal Structure of a Trimeric Cytochrome cb562 Assembly Induced by Nickel Coordination
要素Soluble cytochrome b562
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Ni-stabilized trimeric superstructure / Electron transport / Heme / Iron / Metal-binding / Periplasm / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c/b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NICKEL (II) ION / Soluble cytochrome b562
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.04 Å
データ登録者Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Rheingold, A.L. / Tezcan, F.A.
引用ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2009
タイトル: Control of protein oligomerization symmetry by metal coordination: C2 and C3 symmetrical assemblies through Cu(II) and Ni(II) coordination.
著者: Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Mossin, S. / Rheingold, A.L. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2008年6月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5195
ポリマ－11,7261
非ポリマー7934
水99155
1
A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子

A: Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,55615
ポリマ－35,1783
非ポリマー2,37812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-140 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.042, 51.042, 121.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-107-

NI

21A-108-

NI

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要素

#1: タンパク質 Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11726.153 Da / 分子数: 1 / 変異: K59H, D73H, K77H, R98C, Y101C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Tris, 23% PEG 4000, 4.16 mM NiSO4, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Apex II / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月2日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 7513 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / Rsym value: 0.065
反射 シェル解像度: 2.04→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Num. unique all: 970 / Rsym value: 0.492 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
APEXデータ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.04→25.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.385 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27806 519 7 %RANDOM
Rwork0.21735 ---
obs0.22172 6918 99.11 %-
all-7499 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.472 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20.05 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04→25.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数819 0 46 55 920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022884
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9182.1141201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00231791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8485105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.56526.66742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.88515154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.339153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1760.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0960.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3120.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2240.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3111.5681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2651.5213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5472845
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8293404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8984.5354
LS精密化 シェル解像度: 2.04→2.096 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 38 -
Rwork0.259 513 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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