PDB-3ddh: The structure of a putative haloacid dehalogenase-like family hyd...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ddh

タイトル

The structure of a putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482

要素

Putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase

キーワード

HYDROLASE / HAD superfamily / Bacteroides thetaiotaomicron / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年6月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年4月16日	Group: Experimental preparation
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ddh.cif.gz	113.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ddh.ent.gz	85.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ddh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ddh_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ddh_full_validation.pdf.gz	449.3 KB	表示
XML形式データ	3ddh_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	3ddh_validation.cif.gz	34.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/3ddh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2f7y-d 3gyb-d 1m10-d 3mch-d 5xj2-3 2is8-d 2b3g-1 7jno-d 1eeh-d 3k6a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc81699

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase

B: Putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase

ヘテロ分子

53.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.119, 104.222, 121.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

The dimer in the AU is likely to be relevant.

#1: タンパク質	Putative haloacid dehalogenase-like family hydrolase 分子量: 26695.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア) 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2180 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8A5Q8
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 342 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.43 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HEPES pH7, 25% PEG 3350, 3% D(+) Trehalose dihydrate , pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97855 Å

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月8日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97855 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.8 % / Av σ(I) over netI: 7.2 / 数: 280444 / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.73 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 31723 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.93	50	97.3	1	0.087	6.641	8.1
3.91	4.93	100	1	0.072	3.62	8.3
3.42	3.91	100	1	0.077	2.688	8.9
3.11	3.42	100	1	0.088	2.094	9.2
2.88	3.11	100	1	0.111	1.64	9.4
2.71	2.88	100	1	0.132	1.312	9.5
2.58	2.71	99.9	1	0.149	1.088	9.6
2.47	2.58	100	1	0.178	0.998	9.5
2.37	2.47	99.8	1	0.198	0.87	9.6
2.29	2.37	100	1	0.212	0.82	9.6
2.22	2.29	99.7	1	0.269	0.811	9.4
2.15	2.22	100	1	0.292	0.753	9.1
2.1	2.15	99.5	1	0.356	0.741	8.6
2.05	2.1	99.5	1	0.409	0.871	7.7
2	2.05	93	1	0.443	1.038	5.9

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 31723 / Num. obs: 31723 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.8 % / B_iso Wilson estimate: 26 Å² / R_merge(I) obs: 0.108 / Χ²: 1.729 / Net I/σ(I): 7.2

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.443 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1939 / Χ²: 1.038 / % possible all: 93

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.254 / FOM acentric: 0.29 / FOM centric: 0 / 反射: 31605 / Reflection acentric: 27721 / Reflection centric: 3884

Phasing MAD set

R cullis acentric: 2.02 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.2 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 27721 / Reflection centric: 3884

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	1.7	1.1	0.5	68	74
7.14-12.5	1.42	0.9	0.6	420	201
5-7.14	2.27	0.9	0.4	1088	307
3.85-5	1.28	0.5	0.4	2070	441
3.12-3.85	1.33	0.3	0.2	3355	562
2.63-3.12	2.38	0.2	0.1	4946	674
2.27-2.63	3.96	0.1	0	6829	786
2-2.27	10.96	0.1	0	8945	839

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	38.6573	0.501	0.005	0.192
2	Se	54.06836	0.074	0.247	0.244
3	Se	41.73457	0.869	0.521	0.205
4	Se	57.16645	0.183	0.07	0.087
5	Se	60.78247	0.253	0.195	0.099
6	Se	54.61763	0.716	0.689	0.178
7	Se	36.10889	0.865	0.518	0.151
8	Se	66.16536	0.202	0.633	0.252
9	Se	41.5791	0.53	0.959	0.155
10	Se	86.02161	0.637	0.158	0.145
11	Se	52.60767	0.408	0.078	0.024
12	Se	78.91287	0.842	0.449	0.061
13	Se	77.32382	0.667	0.857	0.123

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	0.239	0.499	142	68	74
7.14-12.5	0.378	0.558	621	420	201
5-7.14	0.428	0.549	1395	1088	307
3.85-5	0.409	0.496	2511	2070	441
3.12-3.85	0.394	0.46	3917	3355	562
2.63-3.12	0.338	0.384	5620	4946	674
2.27-2.63	0.213	0.237	7615	6829	786
2-2.27	0.111	0.121	9784	8945	839

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 31605

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.23-100	69.9	0.631	512
6.49-8.23	63.4	0.82	514
5.57-6.49	58.3	0.861	571
4.95-5.57	58.8	0.901	629
4.5-4.95	61.8	0.911	703
4.16-4.5	57.5	0.91	785
3.88-4.16	55.8	0.902	829
3.66-3.88	58	0.912	864
3.46-3.66	57.3	0.889	948
3.3-3.46	58.5	0.908	954
3.16-3.3	60.9	0.874	1029
3.03-3.16	58.8	0.883	1031
2.92-3.03	60.9	0.871	1121
2.82-2.92	61.2	0.86	1104
2.73-2.82	63.8	0.86	1195
2.65-2.73	63.6	0.861	1192
2.57-2.65	68.3	0.845	1227
2.5-2.57	70.3	0.859	1284
2.44-2.5	67.7	0.858	1285
2.38-2.44	69.6	0.852	1344
2.32-2.38	70.4	0.86	1376
2.27-2.32	72.1	0.868	1379
2.22-2.27	71.9	0.848	1428
2.18-2.22	71.7	0.866	1454
2.13-2.18	75	0.849	1461
2.09-2.13	77	0.841	1526
2.06-2.09	77.2	0.828	1534
2-2.06	82.9	0.776	2326

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→33.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 7.423 / SU ML: 0.111 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.165
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1595	5 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
all	0.179	31604	-	-
obs	0.179	31604	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.487 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.29 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3565	0	18	342	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3659
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	2.001	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.925	3	6187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.828	5	454
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.277	25.828	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.769	15	709
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.374	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	655
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	1817
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.063	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.223	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.242	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.176	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.183	1.5	2468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.243	1.5	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.603	2	3645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.687	3	1525
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.959	4.5	1289

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	123	-
R_work	0.193	2031	-
all	-	2154	-
obs	-	-	93.86 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.997	-0.3248	0.0093	1.9137	0.4323	1.0769	0.1522	0.0861	0.0144	-0.1659	-0.0707	-0.1673	-0.1546	0.0907	-0.0815	-0.0898	-0.025	0.0687	-0.0256	0.0145	-0.0856	14.4215	4.2898	14.5956
2	0.4406	-0.0911	0.3302	0.8189	-0.4635	1.3165	0.0233	-0.0298	0.0391	-0.0252	0.0284	-0.0468	-0.1285	0.0344	-0.0517	-0.0904	0.0147	0.032	-0.0889	-0.0171	-0.06	4.9015	11.5186	38.6249

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	5 - 231	8 - 234
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	5 - 231	8 - 234

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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