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万見
- PDB-3dde: Crystal structure of a domain of unknown function with a heme oxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dde
タイトルCrystal structure of a domain of unknown function with a heme oxygenase-like fold (sden_3740) from shewanella denitrificans os217 at 2.30 A resolution
要素TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron-containing redox enzyme / Pyrroloquinoline-quinone synthase-like / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / TENA/THI-4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold (YP_564736.1) from SHEWANELLA DENITRIFICANS OS-217 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
B: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3548
ポリマ－54,7622
非ポリマー5936
水1,33374
1
A: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
B: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
ヘテロ分子

A: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
B: TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,70916
ポリマ－109,5234
非ポリマー1,18512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area4630 Å2
ΔGint-34.8 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.810, 66.000, 84.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B
171A
181B
191A
201B
211A
221B
231A
241B
251A
261B
271A
281B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERVAL2AA2 - 303 - 31
21SERVAL2BB2 - 303 - 31
32LEULYS6AA31 - 3432 - 35
42LEULYS6BB31 - 3432 - 35
53ALAALA2AA35 - 8436 - 85
63ALAALA2BB35 - 8436 - 85
74GLYGLY6AA8586
84GLYGLY6BB8586
95HISASP2AA86 - 10087 - 101
105HISASP2BB86 - 10087 - 101
116ARGARG6AA101102
126ARGARG6BB101102
137GLUALA2AA102 - 139103 - 140
147GLUALA2BB102 - 139103 - 140
158GLUTYR6AA140 - 145141 - 146
168GLUTYR6BB140 - 145141 - 146
179ILEPHE2AA146 - 167147 - 168
189ILEPHE2BB146 - 167147 - 168
1910ILELYS6AA168 - 176169 - 177
2010ILELYS6BB168 - 176169 - 177
2111HISHIS2AA177 - 186178 - 187
2211HISHIS2BB177 - 186178 - 187
2312GLUGLU6AA187188
2412GLUGLU6BB187188
2513VALTYR2AA188 - 220189 - 221
2613VALTYR2BB188 - 220189 - 221
2714GLNALA6AA221 - 232222 - 233
2814GLNALA6BB221 - 232222 - 233
詳細AUTHORS STATE THAT THE PROTOMER MAY FORM A TETRAMER BASED ON CRYSTAL PACKING ANALYSIS. SIZE-EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COUPLED WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A TETRAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIC FORM IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TENA/THI-4 protein, Domain of Unknown Function with a Heme Oxygenase-like Fold


分子量: 27380.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shewanella denitrificans OS217 (バクテリア)
遺伝子: YP_564736.1, Sden_3740 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q12HR3

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非ポリマー , 5種, 80分子

#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.87 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20.0% polyethylene glycol 3350, 0.269M magnesium nitrate, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97932,0.97918
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月16日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.979321
30.979181
反射解像度: 2.3→29.173 Å / Num. obs: 23523 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.797 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.3-2.380.4331.97442388788.8
2.38-2.480.3322.58959464499
2.48-2.590.2423.48340431999
2.59-2.730.194.38826455298.9
2.73-2.90.1166.68550441999.2
2.9-3.120.0839.28396433499.2
3.12-3.430.0514.18479437298.8
3.43-3.930.03228732449698.7
3.93-4.930.02328.98508435598.3
4.930.0232.48693440796.5

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PHENIX精密化
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.173 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 17.745 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.37 / ESU R Free: 0.243
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. NITRATE, 1,2-ETHANEDIOL, PEG AND PGE WERE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION AND CRYOPROTECTION CONDITIONS. 5. AMINO ACID SER 225 IN CHAINS A AND B ARE RAMACHADRAN OUTLIERS IN A REGION OF ELECTRON DENSITY THAT IS DIFFICULT TO MODEL. 6. THERE IS UNMODELED ELECTRON DENSITY NEAR AMINO ACIDS GLU 83, HIS 86, GLU 140 AND HIS 170 IN BOTH PROTOMERS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1206 5.1 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.221 23503 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.692 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.08 Å20 Å20 Å2
2---1.74 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3555 0 39 74 3668
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223770
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.341.9445142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00135838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.8845483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65524.465159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.43515574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.041510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.2921
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1690.22275
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.21861
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21572
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2640.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.67922587
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.262953
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00133802
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.721566
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.02831335
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1166TIGHT POSITIONAL0.030.05
1316MEDIUM POSITIONAL0.140.5
445LOOSE POSITIONAL0.725
1166TIGHT THERMAL0.10.5
1316MEDIUM THERMAL0.412
445LOOSE THERMAL1.5210
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 86 -
Rwork0.276 1583 -
all-1669 -
obs--96.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9290.25391.7382.60170.80978.25290.0797-1.0379-0.34450.17910.04510.45341.0321-1.7508-0.1248-0.2774-0.17770.00760.31430.1689-0.172-11.451924.3746-55.1856
22.0207-0.5264-0.44995.06760.5922.2690.02190.1188-0.2459-1.0114-0.01150.43330.2203-0.2351-0.0105-0.0015-0.1504-0.1451-0.33420.0369-0.2201-8.174521.0874-93.4003
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 2333 - 234
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 2323 - 233

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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