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- PDB-3dd5: Glomerella cingulata E600-cutinase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dd5
タイトルGlomerella cingulata E600-cutinase complex
要素Cutinase
キーワードHYDROLASE / catalytic triad / Secreted / Serine esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


cutinase activity / cutinase / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...Cutinase, monofunctional / Cutinase, aspartate and histidine active sites / Cutinase, serine active site / Cutinase, serine active site. / Cutinase, aspartate and histidine active sites. / Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIETHYL PHOSPHONATE / Cutinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Glomerella cingulata (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Nyon, M.P. / Rice, D.W. / Berrisford, J.M. / Hounslow, A.M. / Moir, A.J.G. / Huang, H. / Nathan, S. / Mahadi, N.M. / Farah Diba, A.B. / Craven, C.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Catalysis by Glomerella cingulata Cutinase Requires Conformational Cycling between the Active and Inactive States of Its Catalytic Triad
著者: Nyon, M.P. / Rice, D.W. / Berrisford, J.M. / Hounslow, A.M. / Moir, A.J.G. / Huang, H. / Nathan, S. / Mahadi, N.M. / Bakar, F.D.A. / Craven, C.J.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cutinase
B: Cutinase
C: Cutinase
D: Cutinase
E: Cutinase
F: Cutinase
G: Cutinase
H: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,86316
ポリマ－168,7588
非ポリマー1,1058
水724
1
A: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2332
ポリマ－21,0951
非ポリマー1381
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
B: Cutinase
ヘテロ分子

C: Cutinase
ヘテロ分子

A: Cutinase
F: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9328
ポリマ－84,3794
非ポリマー5524
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
crystal symmetry operation2_646-x+1,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4620 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
10
D: Cutinase
ヘテロ分子

G: Cutinase
ヘテロ分子

E: Cutinase
ヘテロ分子

H: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9328
ポリマ－84,3794
非ポリマー5524
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,y-1/2,-z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28970 Å2
手法PISA
11
A: Cutinase
ヘテロ分子

B: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4664
ポリマ－42,1902
非ポリマー2762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area1310 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area15520 Å2
手法PISA
12
C: Cutinase
ヘテロ分子

F: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4664
ポリマ－42,1902
非ポリマー2762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area1360 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
13
D: Cutinase
ヘテロ分子

E: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4664
ポリマ－42,1902
非ポリマー2762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15590 Å2
手法PISA
14
G: Cutinase
ヘテロ分子

H: Cutinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4664
ポリマ－42,1902
非ポリマー2762
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_546-x,y-1/2,-z+11
Buried area1320 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.47, 117.37, 95.24
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.57, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Cutinase / Cutin hydrolase


分子量: 21094.807 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 31-224 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Cutinase (GenBank accession no. AF444194) (amino acids 31-224)
由来: (組換発現) Glomerella cingulata (菌類) / Plasmid details: modified pET32b / プラスミド: pET32b_CutA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami (DE3) / 参照: UniProt: P11373, cutinase
#2: 化合物
ChemComp-DEP / DIETHYL PHOSPHONATE / ジエトキシホスフィニルラジカル


分子量: 138.102 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H11O3P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE IS BASED ON REFERENCE 2 IN THE DATABASE, CUTI_COLGL.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M magnesium acetate, 18% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月10日 / 詳細: Osmic Varimax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. all: 47279 / Num. obs: 47279 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 40.345 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 6694 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DCN

3dcn


解像度: 2.6→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 13.04 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.603 / ESU R Free: 0.376
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 2391 5.1 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.219 44886 97.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.02 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11428 0 64 4 11496
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02211716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4771.96315936
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.93151539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.18324.074459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.376151764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.691564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.25458
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.28088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2250.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 196 -
Rwork0.31 3108 -
obs--94.67 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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