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万見
- PDB-3dd4: Structural Basis of KChIP4a Modulation of Kv4.3 Slow Inactivation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dd4
タイトルStructural Basis of KChIP4a Modulation of Kv4.3 Slow Inactivation
要素Kv channel-interacting protein 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / EF-hands protein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Potassium / Potassium channel / Potassium transport / Transport / Voltage-gated channel
機能・相同性
機能・相同性情報


Phase 1 - inactivation of fast Na+ channels / regulation of potassium ion transmembrane transport / potassium channel activity / potassium channel regulator activity / voltage-gated potassium channel complex / protein localization to plasma membrane / peroxisome / calcium ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Kv channel-interacting protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chai, J. / Wang, H. / Wang, K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural Insights into KChIP4a Modulation of Kv4.3 Inactivation.
著者: Liang, P. / Wang, H. / Chen, H. / Cui, Y. / Gu, L. / Chai, J. / Wang, K.
履歴
登録2008年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kv channel-interacting protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6093
ポリマ－26,5291
非ポリマー802
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Kv channel-interacting protein 4
ヘテロ分子

A: Kv channel-interacting protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2196
ポリマ－53,0592
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area18330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.300, 96.300, 71.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Kv channel-interacting protein 4 / KChIP4 / A-type potassium channel modulatory protein 4 / Potassium channel-interacting protein 4 / ...KChIP4 / A-type potassium channel modulatory protein 4 / Potassium channel-interacting protein 4 / Calsenilin-like protein


分子量: 26529.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kcnip4, Calp, Kchip4 / プラスミド: pet28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6PHZ8
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CORRECT UNP ACCESSION CODE IS Q6PHZ8-4, IT IS ISOFORM 4.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.6-1.8M Ammonium Sulfate, 4%(v/v) iso-Propanol, 0.1M DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→99 Å / Num. all: 6677 / Num. obs: 6650 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 37.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 668 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KChIP1 (PDB code: 2NZ0)

2nz0


解像度: 3→20 Å / Isotropic thermal model: MAXIMUM LIKELIHOOD / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2988 6183 -RANDOM
Rwork0.2392 ---
obs0.2392 6545 94.2 %-
all-6567 --
原子変位パラメータBiso mean: 52.9479 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.874 Å20 Å20 Å2
2--16.874 Å20 Å2
3----33.748 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 2 19 1769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.21
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.466 52 -
Rwork0.406 --
obs-747 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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