[日本語] English
万見
- PDB-3dci: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumef... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dci
タイトルThe Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58
要素Arylesteraseアリールエステラーゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Agrobacterium tumefaciens (アグロバクテリウム) / arylesterase (アリールエステラーゼ) / SGNH_hydrolase subfamily / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸 / アリールエステラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,52629
ポリマ－74,5003
非ポリマー1,02626
水8,683482
1
A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子

A: Arylesterase
B: Arylesterase
C: Arylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,05158
ポリマ－149,0006
非ポリマー2,05152
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area20210 Å2
ΔGint-609 kcal/mol
Surface area38230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.204, 131.397, 122.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-214-

CL

21A-235-

HOH

31B-357-

HOH

詳細authors state that the biological assembly is unknown but may be a hexamer. The contents of the AU: x,y,z, plus that of the neighboring AU: -x+1,y,-z+1/2.

-
要素

#1: タンパク質 Arylesterase / アリールエステラーゼ


分子量: 24833.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)
株: C58 / 遺伝子: AGR_L_2749, Atu3454 / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A9CF87
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.84 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 3.2M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97941
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月21日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979411
Reflection冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 6.5 / 数: 305360 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.08 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.93509810.0633.147
3.914.9399.610.0551.8536.8
3.423.9199.510.061.5867.4
3.113.4299.810.0731.2947.5
2.883.1199.810.0841.0947.6
2.712.8899.810.1141.0147.5
2.582.7199.910.1270.87.6
2.472.5899.910.1420.7337.6
2.372.4799.910.1770.7237.6
2.292.3799.910.1840.7767.7
2.222.2910010.210.6497.7
2.152.2299.910.2540.6287.6
2.12.1510010.3330.6587.6
2.052.110010.3730.6627.4
22.0599.610.4520.7376.9
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 41107 / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.08 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Num. unique all: 2712 / Χ2: 0.737 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.195 / FOM acentric: 0.213 / FOM centric: 0 / 反射: 39487 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269
Phasing MAD setR cullis acentric: 2.04 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269
Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)R cullis acentricLoc acentricLoc centricReflection acentricReflection centric
12.5-502.8110.311061
7.14-12.51.880.80.4594174
5-7.142.270.60.31443261
3.85-51.310.40.32719361
3.12-3.851.510.30.24359453
2.63-3.122.350.20.16446554
2.27-2.635.880.108848646
2-2.273.780.1011699759
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se49.282640.3390.6640.1460
2Se53.279530.0610.5980.0610
3Se43.944080.2760.5940.1550
4Se52.555670.1360.4520.1810
5Se52.835850.1950.4230.3320
6Se61.44001-0.1040.7110.0560
7Se52.158730.1340.750.1870
8Se59.347690.1130.4760.3690
9Se52.59248-0.1160.7270.1380
10Se43.272510.4930.6370.2340
11Se92.14829-0.3250.6940.0470
12Se75.872620.3770.4680.3880
13Se62.032970.080.3760.4520
14Se135.97670.0450.3180.1920
15Se74.60677-0.2970.8090.0160
16Se135.5112-0.3330.705-0.0440
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.5-500.3310.515017111061
7.14-12.50.4330.560768594174
5-7.140.4390.518017041443261
3.85-50.3870.438030802719361
3.12-3.850.350.387048124359453
2.63-3.120.2080.226070006446554
2.27-2.630.1470.157094948848646
2-2.270.0680.07301245811699759
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 41022
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.8-10064.40.701502
6.74-8.865.90.785610
5.66-6.7465.20.775745
4.98-5.6663.80.765817
4.5-4.9865.20.784933
4.13-4.561.90.8071036
3.84-4.1364.20.8051093
3.61-3.8461.20.8041168
3.41-3.6164.50.7811241
3.24-3.4165.30.7821315
3.1-3.2464.70.7391374
2.97-3.165.30.7531437
2.86-2.9766.80.7471485
2.76-2.8670.20.7431532
2.66-2.7670.20.7431593
2.58-2.6669.10.7521638
2.51-2.5870.10.7451706
2.44-2.51720.7631736
2.37-2.4470.70.7571807
2.32-2.3772.20.761824
2.26-2.3272.70.7751867
2.21-2.2673.60.7531925
2.16-2.2174.10.781989
2.12-2.16780.7441982
2.08-2.1279.70.7312022
2.04-2.0881.10.722111
2-2.0481.60.7082109
1.93-289.70.6311425

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→34.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.082 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.139
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 1986 5 %RANDOM
Rwork0.148 ---
all0.149 39487 --
obs0.149 39487 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4593 0 35 482 5110
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224743
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3861.9796459
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96737870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3225631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15822.291179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.59115728
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1831542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2725
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02924
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.23457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.22271
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.22334
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1840.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2960.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1940.220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0571.53827
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1921.51266
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20124982
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.40931760
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4394.51473
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 143 -
Rwork0.172 2721 -
all-2864 -
obs--99.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0715-0.1211-0.16831.51250.14111.6476-0.07590.0916-0.1824-0.1025-0.03170.18490.03-0.23690.1075-0.0655-0.02350.0259-0.0936-0.0394-0.080126.025158.508420.9523
21.3037-0.17410.14461.00450.19011.688-0.02830.08410.0604-0.1546-0.05450.075-0.1265-0.1520.0828-0.03860.0212-0.0226-0.07760.0113-0.094630.605193.154711.3253
31.8502-0.04210.13241.44040.0211.57360.0528-0.04740.06550.0998-0.08490.216-0.0383-0.25970.0321-0.09840.00940.0382-0.0471-0.0549-0.04715.971184.831543.2242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 20823 - 230
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 20823 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 20823 - 230

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る