PDB-3dci: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumef...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dci

タイトル

The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58

要素

Arylesterase

キーワード

HYDROLASE / Agrobacterium tumefaciens / arylesterase / SGNH_hydrolase subfamily / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxylic ester hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The Structure of a putative arylesterase from Agrobacterium tumefaciens str. C58
著者: Cuff, M.E. / Xu, X. / Zheng, H. / Binkowski, T.A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dci.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dci.ent.gz	109.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dci.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/3dci	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tx1-1 7bxc-2 7bxb-d 7bxc-1 3iwt-1 7bxc-3 2j5g-1 2r86-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc7346

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

ヘテロ分子

75.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

ヘテロ分子

A: Arylesterase

B: Arylesterase

C: Arylesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
151 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.204, 131.397, 122.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-214- CL
2	1	A-235- HOH
3	1	B-357- HOH

詳細

authors state that the biological assembly is unknown but may be a hexamer. The contents of the AU: x,y,z, plus that of the neighboring AU: -x+1,y,-z+1/2.

#1: タンパク質	Arylesterase 分子量: 24833.402 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens str. (バクテリア) 株: C58 / 遺伝子: AGR_L_2749, Atu3454 / プラスミド: modified p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A9CF87
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.6, 3.2M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97941

検出器

タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月21日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97921	1
2	0.97941	1

Reflection

冗長度: 7.4 % / Av σ(I) over netI: 6.5 / 数: 305360 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.08 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.93	50	98	1	0.063	3.14	7
3.91	4.93	99.6	1	0.055	1.853	6.8
3.42	3.91	99.5	1	0.06	1.586	7.4
3.11	3.42	99.8	1	0.073	1.294	7.5
2.88	3.11	99.8	1	0.084	1.094	7.6
2.71	2.88	99.8	1	0.114	1.014	7.5
2.58	2.71	99.9	1	0.127	0.8	7.6
2.47	2.58	99.9	1	0.142	0.733	7.6
2.37	2.47	99.9	1	0.177	0.723	7.6
2.29	2.37	99.9	1	0.184	0.776	7.7
2.22	2.29	100	1	0.21	0.649	7.7
2.15	2.22	99.9	1	0.254	0.628	7.6
2.1	2.15	100	1	0.333	0.658	7.6
2.05	2.1	100	1	0.373	0.662	7.4
2	2.05	99.6	1	0.452	0.737	6.9

反射

解像度: 2→50 Å / Num. all: 41107 / Num. obs: 41107 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 26.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.08 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.452 / Num. unique all: 2712 / Χ²: 0.737 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.195 / FOM acentric: 0.213 / FOM centric: 0 / 反射: 39487 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269

Phasing MAD set

R cullis acentric: 2.04 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 50 Å / Loc acentric: 0.2 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 36218 / Reflection centric: 3269

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	2.81	1	0.3	110	61
7.14-12.5	1.88	0.8	0.4	594	174
5-7.14	2.27	0.6	0.3	1443	261
3.85-5	1.31	0.4	0.3	2719	361
3.12-3.85	1.51	0.3	0.2	4359	453
2.63-3.12	2.35	0.2	0.1	6446	554
2.27-2.63	5.88	0.1	0	8848	646
2-2.27	3.78	0.1	0	11699	759

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	49.28264	0.339	0.664	0.146
2	Se	53.27953	0.061	0.598	0.061
3	Se	43.94408	0.276	0.594	0.155
4	Se	52.55567	0.136	0.452	0.181
5	Se	52.83585	0.195	0.423	0.332
6	Se	61.44001	-0.104	0.711	0.056
7	Se	52.15873	0.134	0.75	0.187
8	Se	59.34769	0.113	0.476	0.369
9	Se	52.59248	-0.116	0.727	0.138
10	Se	43.27251	0.493	0.637	0.234
11	Se	92.14829	-0.325	0.694	0.047
12	Se	75.87262	0.377	0.468	0.388
13	Se	62.03297	0.08	0.376	0.452
14	Se	135.9767	0.045	0.318	0.192
15	Se	74.60677	-0.297	0.809	0.016
16	Se	135.5112	-0.333	0.705	-0.044

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
12.5-50	0.331	0.515	171	110	61
7.14-12.5	0.433	0.56	768	594	174
5-7.14	0.439	0.518	1704	1443	261
3.85-5	0.387	0.438	3080	2719	361
3.12-3.85	0.35	0.387	4812	4359	453
2.63-3.12	0.208	0.226	7000	6446	554
2.27-2.63	0.147	0.157	9494	8848	646
2-2.27	0.068	0.073	12458	11699	759

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 41022

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.8-100	64.4	0.701	502
6.74-8.8	65.9	0.785	610
5.66-6.74	65.2	0.775	745
4.98-5.66	63.8	0.765	817
4.5-4.98	65.2	0.784	933
4.13-4.5	61.9	0.807	1036
3.84-4.13	64.2	0.805	1093
3.61-3.84	61.2	0.804	1168
3.41-3.61	64.5	0.781	1241
3.24-3.41	65.3	0.782	1315
3.1-3.24	64.7	0.739	1374
2.97-3.1	65.3	0.753	1437
2.86-2.97	66.8	0.747	1485
2.76-2.86	70.2	0.743	1532
2.66-2.76	70.2	0.743	1593
2.58-2.66	69.1	0.752	1638
2.51-2.58	70.1	0.745	1706
2.44-2.51	72	0.763	1736
2.37-2.44	70.7	0.757	1807
2.32-2.37	72.2	0.76	1824
2.26-2.32	72.7	0.775	1867
2.21-2.26	73.6	0.753	1925
2.16-2.21	74.1	0.78	1989
2.12-2.16	78	0.744	1982
2.08-2.12	79.7	0.731	2022
2.04-2.08	81.1	0.72	2111
2-2.04	81.6	0.708	2109
1.93-2	89.7	0.631	1425

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
CCP4		位相決定
O		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→34.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 6.082 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.139
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	1986	5 %	RANDOM
R_work	0.148	-	-	-
all	0.149	39487	-	-
obs	0.149	39487	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.009 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→34.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4593	0	35	482	5110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.386	1.979	6459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	7870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.322	5	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.158	22.291	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.591	15	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.183	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	725
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5372
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	3457
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	2271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	2334
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.137	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.184	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.296	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.246	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.194	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.057	1.5	3827
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.192	1.5	1266
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.201	2	4982
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.409	3	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.439	4.5	1473

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	143	-
R_work	0.172	2721	-
all	-	2864	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0715	-0.1211	-0.1683	1.5125	0.1411	1.6476	-0.0759	0.0916	-0.1824	-0.1025	-0.0317	0.1849	0.03	-0.2369	0.1075	-0.0655	-0.0235	0.0259	-0.0936	-0.0394	-0.0801	26.0251	58.5084	20.9523
2	1.3037	-0.1741	0.1446	1.0045	0.1901	1.688	-0.0283	0.0841	0.0604	-0.1546	-0.0545	0.075	-0.1265	-0.152	0.0828	-0.0386	0.0212	-0.0226	-0.0776	0.0113	-0.0946	30.6051	93.1547	11.3253
3	1.8502	-0.0421	0.1324	1.4404	0.021	1.5736	0.0528	-0.0474	0.0655	0.0998	-0.0849	0.216	-0.0383	-0.2597	0.0321	-0.0984	0.0094	0.0382	-0.0471	-0.0549	-0.047	15.9711	84.8315	43.2242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 208	23 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 208	23 - 230
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 208	23 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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