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- PDB-3db5: Crystal structure of methyltransferase domain of human PR domain-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3db5
タイトルCrystal structure of methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 4
要素PR domain zinc finger protein 4
キーワードTRANSFERASE / Methyltransferase / PRDM4 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone methyltransferase binding / histone methyltransferase complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / transcription by RNA polymerase II ...p75NTR negatively regulates cell cycle via SC1 / histone methyltransferase binding / histone methyltransferase complex / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methyltransferase activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of gene expression / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / methylation / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PR-domain zinc finger protein PRDM4 / PRDM4, zinc knuckle motif / PRDM4, PR/SET domain / PR zinc knuckle motif / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / Beta-clip-like / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. ...PR-domain zinc finger protein PRDM4 / PRDM4, zinc knuckle motif / PRDM4, PR/SET domain / PR zinc knuckle motif / PR domain zinc finger protein 2, PR domain / : / Beta-clip-like / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Beta Complex / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PR domain zinc finger protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. ...Amaya, M.F. / Zeng, H. / Loppnau, P. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 4.
著者: Zeng, H. / Amaya, M.F. / Loppnau, P. / Bochkarev, A. / Min, J. / Plotnikov, A.N. / Wu, H.
履歴
登録2008年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PR domain zinc finger protein 4
B: PR domain zinc finger protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0512
ポリマ－35,0512
非ポリマー00
水2,504139
1
A: PR domain zinc finger protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5251
ポリマ－17,5251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PR domain zinc finger protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5251
ポリマ－17,5251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.294, 107.294, 133.642
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-172-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS EXPERIMENTALLY UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 PR domain zinc finger protein 4 / PR domain-containing protein 4


分子量: 17525.346 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 390-540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRDM4, PFM1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9UKN5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.5 microliter protein solution, 1.5 microliter reservoir solution containing 23% PEG 3350, 0.2 M Ammonium acetate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. obs: 21499 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.2 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.948 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.2318.20.79920951.2611100
2.23-2.3226.50.63921091.3491100
2.32-2.4228.70.51521211.3351100
2.42-2.5528.80.37621301.3711100
2.55-2.7128.80.25221221.5231100
2.71-2.9228.80.17421341.6811100
2.92-3.2128.80.11921271.9991100
3.21-3.6728.60.0821632.5691100
3.67-4.6328.10.05821963.0521100
4.63-3026.80.04823022.9991100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 10.423 / SU ML: 0.143 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.298 1101 5.1 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.226 21490 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.916 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.27 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2062 0 0 139 2201
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222117
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9261.9372882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.3245252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35324.038104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.26915329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6541513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.21419
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2550.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.241.51326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00722094
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0073915
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4994.5788
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 82 -
Rwork0.248 1449 -
all-1531 -
obs--99.22 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02060.0991-0.24263.47782.75842.2892-0.07770.0562-0.06790.2027-0.01890.1249-0.06290.03920.09660.1008-0.01160.05790.0344-0.02910.10229.75246.84921.5253
23.5445-0.05470.11022.00950.34872.5224-0.03190.3088-0.1486-0.1251-0.06720.08840.0105-0.13730.09910.09630.00930.05270.0549-0.10020.102327.521539.468811.5205
30.76621.618-1.01083.7268-1.83491.6231-0.1047-0.0342-0.2557-0.353-0.2759-0.38940.27030.13850.38060.18770.01930.17960.01680.03490.168633.36873.143625.2345
41.970.8262-0.39133.9626-0.87073.8548-0.18180.0934-0.1328-0.5997-0.1393-0.25270.39590.09980.32110.21380.02230.1847-0.0150.020.094933.73249.789715.4612
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 774 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2AA78 - 14178 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3BB2 - 892 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4BB90 - 14890 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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