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- PDB-3da4: Crystal Structure of Colicin M, a Novel Phosphatase Specifically ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3da4
タイトルCrystal Structure of Colicin M, a Novel Phosphatase Specifically Imported by Escherichia Coli
要素Colicin-M
キーワードANTIBIOTIC / Colicin M / Phosphatase / Antimicrobial / Bacteriocin / Plasmid / TonB box
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
de novo design (two linked rop proteins) - #280 / Colicin M, catalytic domain / Colicin M / Colicin M / de novo design (two linked rop proteins) / Beta-Lactamase / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Colicin-M
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zeth, K. / Albrecht, R. / Romer, C. / Braun, V.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of colicin M, a novel phosphatase specifically imported by Escherichia coli
著者: Zeth, K. / Romer, C. / Patzer, S.I. / Braun, V.
履歴
登録2008年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Colicin-M
B: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2777
ポリマ－60,9672
非ポリマー3105
水11,548641
1
A: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7325
ポリマ－30,4841
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Colicin-M
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5462
ポリマ－30,4841
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.490, 108.750, 224.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILEAA4 - 1304 - 130
21LEULEUILEILEBB4 - 1304 - 130
12LYSLYSPROPROAA180 - 260180 - 260
22LYSLYSPROPROBB180 - 260180 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Colicin-M


分子量: 30483.541 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05820
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M N-(2-acetamido) iminodiacetate, 12% PEG 6000, 0.2M MgCl2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 67044 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 10264 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DA3

3da3


解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 5.659 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26134 4692 7 %RANDOM
Rwork0.21838 ---
all0.23 67044 --
obs0.22136 62343 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.698 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å20 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4140 0 20 641 4801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0224258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7711.9545789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5775540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07824.335173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29715677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4051514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.24119
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3410.23197
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2030.2873
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.52723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.17224334
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.96731698
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9584.51454
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1508medium positional0.090.5
2324medium positional0.130.5
1464loose positional0.335
2303loose positional0.25
1508medium thermal0.612
2324medium thermal0.62
1464loose thermal110
2303loose thermal1.3610
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 321 -
Rwork0.285 4274 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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